회사 팔 때 사장님 양도세, 20퍼센트인가 45퍼센트인가

자식이 안 받는다니 폐업할 바엔 경쟁사에 팔겠다. 요즘 부산 제조업 사장님들 상담에서 자주 듣는 말입니다. 한 자문사의 중소기업 인수 문의가 올해 월평균 65건으로 2024년의 세 배가 됐다는 보도가 있었고, 정부는 2026년 세제개편안에 친족 후계자 없는 중소·중견기업을 제3자가 인수하면 매도자 양도세를 깎아 주는 안을 넣었습니다. 그런데 회사를 팔 때 사장님이 내는 세금은 주식 양도세 20퍼센트로 끝나지 않습니다. 공장 땅과 건물이 회사 자산의 절반을 넘으면 그 주식은 세법상 부동산처럼 취급돼 최고 45퍼센트, 그 자산의 절반 이상이 비사업용 토지이면 55퍼센트가 됩니다.

오늘은 회사를 팔 때 사장님 몫의 세금이 네 갈래로 갈리는 구조를 표로 정리하고, 중소기업 주식을 팔고 10퍼센트로 신고했다 3년 뒤 경정된 사건을 읽은 뒤, 사상구 50억 매각을 네 경우로 계산합니다.

네 갈래 — 같은 주식인데 세율이 10퍼센트부터 55퍼센트까지

소득세법 제104조 제1항 제11호는 주식 양도세율을 대주주냐 아니냐로 가릅니다. 대주주가 아닌 사람이 중소기업 주식을 팔면 10퍼센트, 그 밖의 법인 주식이면 20퍼센트입니다. 대주주는 과세표준 3억까지 20퍼센트, 3억을 넘는 부분은 25퍼센트이고, 중소기업 외 법인의 주식을 1년 미만 보유했다면 30퍼센트입니다. 비상장법인의 대주주는 시행령 제167조의8에 따라 본인과 특수관계인 지분을 합쳐 4퍼센트 이상이거나 직전 사업연도 종료일 현재 보유주식 평가액이 10억원 이상인 사람이고, 벤처기업은 40억원입니다. 평가는 상속세및증여세법을 준용해 순손익가치와 순자산가치를 섞어 계산합니다. 회사를 세워 키운 사장님은 거의 예외 없이 대주주입니다.

그 다음이 함정입니다. 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목은 토지·건물 등 부동산과, 그 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인 주식가액에 그 다른 법인의 부동산 보유비율을 곱한 가액을 더한 금액이 자산총액의 50퍼센트 이상인 법인의 주식을, 과점주주가 50퍼센트 이상 과점주주 외의 자에게 넘기면 그 주식을 기타자산으로 봅니다. 과점주주는 시행령 제158조 제1항이 주주 1인과 기타주주가 소유한 주식의 합계가 그 법인 주식의 50퍼센트를 초과하는 경우로 정의합니다. 기타자산은 주식 세율이 아니라 부동산과 같은 기본세율 6퍼센트에서 45퍼센트이고, 같은 조 제2항이 주식과 기타자산에 모두 해당하면 기타자산 쪽을 적용하라고 못 박고 있습니다.

거기에 그 법인 자산총액 중 비사업용 토지의 가액이 50퍼센트 이상이면 시행령 제167조의7에 따라 비사업용 토지 과다소유법인의 주식이 되어 16퍼센트에서 55퍼센트 세율표가 적용됩니다. 하나의 자산이 둘 이상의 세율에 해당하면 산출세액이 큰 것을 세액으로 한다는 제104조 제1항 단서가 작동하는 구조입니다. 공장 부지를 자가로 가진 제조업, 창고·물류업, 임대업 법인이 여기 해당하기 쉽습니다. 장기보유특별공제는 토지·건물과 조합원입주권에만 있고 주식도 기타자산도 받지 못합니다.

사건 1 — 중소기업 주식 팔고 10퍼센트로 신고했더니 3년 뒤

2019년 12월 13일 비상장 중소기업 주식 5,000주를 판 분이 2020년 1월 29일 대주주가 아니라고 보고 소득세법 제104조 제1항 제11호 가목의 10퍼센트 세율로 신고·납부했습니다. 국세청 감사담당관실의 업무점검안내에 따라 직전 사업연도 말 보유주식 평가액이 당시 기준을 넘어 대주주라는 지적이 나왔고, 세무서는 2022년 10월 14일 같은 호 다목의 20퍼센트 세율로 경정 고지했습니다. 결정문에 적힌 1주당 평가액은 314,506원입니다. 5,000주를 곱하면 15억 7,253만원이고, 그 양도일은 시가총액 기준이 15억원이던 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간에 속합니다.

납세자는 대주주라는 사실은 다투지 않았습니다. 대신 일반주주는 자기 주식의 시가총액을 알 수 없고 특히 1월부터 3월 사이에 팔면 재무제표가 확정·공시되기 전이라 세율을 알 수 없으니 조세법률주의와 재산권 침해이고 시행령이 모법의 위임 범위를 벗어났다고 다퉜습니다. 조세심판원은 2023년 4월 10일 기각했습니다(조심 2023중0672). 법률의 위헌과 명령·규칙의 위헌·위법 여부는 헌법재판소와 대법원이 최종적으로 심사할 권한을 가지고 심판원의 심리 범위에 해당하지 않으며, 그 법령을 헌법재판소나 대법원이 무효로 판단한 사실이 없다는 것입니다.

이 사건의 세율이 20퍼센트 단일이었던 이유는 경과규정입니다. 중소기업 대주주에게 과세표준 3억 초과분 25퍼센트를 적용하는 개정은 부칙에 따라 2020년 1월 1일부터 시행됐고, 그 전 양도분은 구법이 적용돼 20퍼센트였습니다. 지금 같은 거래라면 3억 초과분에 25퍼센트가 붙습니다. 참고로 비상장 대주주의 시가총액 기준은 25억에서 15억, 10억으로 내려오다 2021년 4월부터 3억으로 더 낮추기로 예정돼 있었는데 시행 전에 바뀌어 지금도 10억입니다.

사건 2 — 부동산 과다보유법인 주식에 누진세율

2001년 8월 취득한 한 법인 주식 267,245주를 2008년 6월 5일 팔고 그해 8월 31일 부동산 과다보유법인 주식으로 누진세율 신고를 했다가, 일반 비상장주식이니 20퍼센트 단일세율과 장기보유특별공제를 달라며 10월에 경정청구한 건이 있습니다. 세무서가 12월에 거부하자 심판청구로 갔고 심판원은 2009년 3월 16일 기각했습니다(조심 2009부0304). 부동산 과다보유법인 주식은 누진세율이고 장기보유특별공제 대상이 아니며, 그것이 평등 원칙에 어긋난다는 주장은 헌법재판소가 판단할 문제라는 것입니다. 청구인 주장에 골프장업이 언급되지만 심판원이 업종을 확정한 바는 없고 법인 소재지도 결정문에 없습니다.

17년 전 결정이지만 결론의 구조는 지금도 같습니다. 다만 당시 조문은 주주의 구성과 부동산 보유현황, 사업의 종류 등을 감안해 대통령령으로 정하는 자산이라는 포괄위임 형태였고, 현행은 50퍼센트와 과점주주, 50퍼센트 양도라는 요건이 법률 본문에 직접 올라와 있습니다.

제가 두 결정을 읽고 든 생각

첫 사건의 납세자 말이 틀린 것은 아닙니다. 비상장주식을 1월에 팔면 직전 사업연도 말 평가액이 아직 안 나와 있고, 보충적 평가는 순손익가치와 순자산가치를 섞는 계산이라 일반 주주가 혼자 할 수 없습니다. 그래서 저는 대주주인지 모르겠다는 상담을 받으면 그 자리에서 계산해 드립니다. 그런데 회사를 세운 사장님은 이 고민이 필요 없습니다. 거의 항상 4퍼센트를 넘고 10억을 넘으니 대주주입니다. 사장님의 진짜 질문은 20퍼센트냐 25퍼센트냐가 아니라 주식이냐 기타자산이냐입니다.

둘째 사건이 그 답을 보여 줍니다. 부동산 비율 50퍼센트는 매각 직전에 정해지는 숫자가 아닙니다. 공장을 자가로 가진 회사는 창업 때부터 그 선 위에 있고, 매각 1년에서 2년 전에 부동산을 떼어 내거나 자산 구성을 바꾸는 것은 세무서가 가장 먼저 보는 장면이며 앞에서 본 3년 합산과 자산총액 계산 특례가 그 시도를 막습니다. 그러니 회사를 팔 생각이 있다면 매각 협상보다 먼저 재무상태표의 토지·건물 비율을 계산해 보셔야 합니다. 그 숫자 하나로 아래 사례의 세금이 12억에서 21억으로 뜁니다.

사상구 제조업 50억 매각 가상 사례

가상의 계산입니다. 부산 사상구 제조업 법인을 자본금 5억으로 세워 100퍼센트 보유한 사장님이 50억에 지분 전부를 넘깁니다. 증권거래세 1,750만원을 필요경비로 빼고 기본공제 250만원을 빼면 과세표준 44억 8,000만원입니다. 기본공제는 주식에서 생긴 소득과 기타자산에서 생긴 소득에 각각 연 250만원씩 적용되니 어느 갈래든 같습니다. 중소기업이고 보유 1년 이상입니다.

토지와 건물이 자산의 절반 미만이면 주식 양도세 11억 500만원, 지방소득세까지 12억 1,550만원입니다. 공장 땅과 건물이 자산의 절반을 넘으면 같은 거래가 기타자산이 되어 기본세율 45퍼센트 구간이 적용돼 19억 5,006만원, 지방세까지 21억 4,507만원입니다. 9억 넘게 차이 납니다. 그 법인 자산의 절반 이상이 놀리는 땅이라 비사업용 토지 과다소유법인에 해당하면 55퍼센트 구간이라 26억 3,787만원까지 올라갑니다. 비사업용 토지 편에서 다룬 기간 기준이 회사 매각에서도 그대로 살아 있습니다. 증권거래세 1,750만원은 네 경우 모두 양도자가 따로 냅니다.

넷째 줄은 아직 법이 아닙니다. 2026년 세제개편안의 정부안은 친족 후계자가 없는 중소·중견기업을 제3자가 인수해 사업을 잇는 경우 매도자 양도세를 감면하고 인수기업에도 세제 혜택을 주는 내용으로 보도됐습니다. 그러나 현행 조세특례제한법에는 해당 조문이 없고 조문 번호와 시행일, 요건과 한도 모두 확정된 것이 없습니다. 아래 계산의 감면 20퍼센트와 감면세액의 20퍼센트를 농어촌특별세로 본 것은 현행 일반원칙을 적용한 가정입니다. 조세특례제한법에는 양도소득세 감면을 농어촌특별세 비과세로 열거한 조문이 따로 있어 신설 조문이 거기 들어가면 농특세가 붙지 않고, 감면 배제와 최저한세, 감면 종합한도 규정도 함께 봐야 합니다. 시행 시기와 요건이 확정되기 전에는 현행 기준으로 설계하고, 통과되면 적용 시점을 보고 잔금일을 정하는 것이 순서입니다.

매각 자문 전에 만드는 표 두 장

제 사무소는 매각 자문을 시작하면 인수자와 가격을 이야기하기 전에 표 두 장을 만듭니다. 하나는 재무상태표의 토지·건물 비율과 그 땅의 재산세 과세 구분이고, 다른 하나는 주식 양도와 기타자산, 영업양도 세 구조의 세후 수령액입니다. 같은 50억이라도 사장님 손에 남는 돈이 크게 달라지니 인수자에게 제시할 가격 자체가 달라집니다. 매각 시점의 세금만 보지 않습니다. 그 돈이 그 뒤 상속이나 증여로 이어지면 현금은 공제가 적어 회사를 팔지 않았을 때의 가업상속공제와 비교해야 합니다.

올해 일본 M&A 전문기업과 협력을 시작하면서 본 것은, 일본은 후계자 없는 중소기업의 제3자 매각이 이미 보편적인 승계 방법이라는 점입니다. 우리도 개편안이 통과되면 같은 길이 열립니다. 다만 감면은 법이 확정된 뒤의 이야기이고, 부동산 비율과 대주주 판정은 지금 당장의 이야기입니다. 순서를 바꾸면 안 됩니다.

정리하며

회사를 팔 때 사장님 양도세는 네 갈래입니다. 소액주주의 중소기업 주식은 10퍼센트, 대주주는 20퍼센트와 3억 초과분 25퍼센트, 토지·건물이 자산의 절반 이상인 법인의 주식을 과점주주가 절반 이상 넘기면 기타자산으로 기본세율 6퍼센트에서 45퍼센트, 그 법인 자산의 절반 이상이 비사업용 토지이면 16퍼센트에서 55퍼센트입니다. 쪼개 팔아도 소급 3년 합산이고, 주식과 기타자산 모두 장기보유특별공제가 없으며 증권거래세 0.35퍼센트가 따로 붙습니다. 사상구 50억 가상 사례에서 그 차이는 12억과 21억, 26억입니다. 정부안의 매도자 감면은 아직 법이 아니니 국회 통과 뒤에 적용 시기를 보고 판단합니다. 회사 매각을 생각 중이시면 재무상태표 한 장만 들고 사무소로 오십시오. 토지·건물 비율과 세 구조의 세후 수령액을 계산해 드립니다.