가업상속공제 받은 회사, 나중에 팔면 양도세는 어떻게 되나요

가업승계 상담에서 가장 늦게 나오는 질문이 있습니다. 상속세 공제 요건을 다 맞추고 사후관리 계획까지 세운 뒤에야 조심스럽게 나옵니다. 「그런데 나중에 회사를 팔면요?」 답은 이렇습니다. 가업상속공제는 상속세를 없애는 것이 아니라 뒤로 미루는 것이고, 회사를 팔 때 양도소득세로 정산됩니다.

이 말은 널리 알려져 있는데, 어디에 그렇게 적혀 있는지와 얼마나 미뤄지는지를 숫자로 본 분은 드뭅니다. 조문 하나와 부산 가상 계산, 그리고 사후관리 기간에 공장 땅을 팔았다가 추징당한 사건을 같이 보겠습니다.

공제는 면제가 아니라 이연입니다

가업상속공제는 상증세법 제18조의2입니다. 피상속인이 10년 이상 경영한 중소·중견기업(직전 3개 사업연도 매출 평균 5천억원 미만)을 상속받으면 가업상속 재산가액을 상속세 과세가액에서 빼 주는데, 경영기간 10년 이상 300억원, 20년 이상 400억원, 30년 이상 600억원이 한도입니다. 100억원짜리 회사를 30년 경영한 아버지에게서 물려받으면 과세가액에서 100억원이 통째로 빠집니다. 대부분의 설명이 여기서 끝납니다.

그다음은 소득세법에 있습니다. 제97조의2 제4항. 가업상속공제가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 취득가액은 두 금액을 합한 것으로 합니다. 첫째, 피상속인의 취득가액에 가업상속공제 적용률을 곱한 금액. 둘째, 상속개시일 현재 자산가액에 1에서 적용률을 뺀 비율을 곱한 금액.

적용률은 소득세법 시행령 제163조의2 제3항이 정합니다. 개인가업이면 공제금액을 가업상속 재산가액으로 나눈 비율이고, 법인가업이면 총자산 중 사업무관자산을 제외한 자산의 비율입니다. 회사에 임대 부동산이나 영업과 무관한 금융자산이 많으면 공제도 줄고 적용률도 줄어듭니다.

5년 안에 팔면 이자까지 붙어 돌아옵니다 — 조심 2021서6675

팔기 전에 먼저 넘어야 할 것이 사후관리입니다. 상증세법 제18조의2 제5항은 상속개시일부터 5년 안에 정당한 사유 없이 가업용 자산의 40퍼센트 이상을 처분하거나, 상속인이 가업에 종사하지 않게 되거나, 상속받은 지분이 줄거나, 5년간 정규직 근로자 수와 총급여액 평균이 상속 전 2년 평균의 90퍼센트에 미달하면, 공제받은 금액을 상속세 과세가액에 다시 넣어 상속세를 부과하도록 합니다. 가업에 쓰지 않고 임대로 돌리는 것도 처분으로 봅니다. 그리고 이자상당액이 붙습니다. 당초 상속세 신고기한 다음 날부터 위반일까지, 국세환급가산금 이율(현재 연 3.1퍼센트)로 계산합니다.

조세심판원 조심 2021서6675 사건이 이 구조 그대로입니다. 2022년 9월 26일 결정입니다. 20년 넘게 회사를 경영한 아버지가 2014년 12월 19일 돌아가셨고, 상속인들의 합의로 자녀 한 명이 주식을 전부 받았습니다. 2015년 6월 29일 가업상속공제를 적용해 상속세를 신고했고, 이듬해 3월 세무서가 주식 평가액만 고쳐 결정했습니다.

그로부터 약 5년 2개월 뒤인 2020년 3월 6일, 상속인은 회사의 가업용 토지·건물·구축물 대부분을 양도했습니다. 당시 법은 상속개시일부터 5년이 지난 뒤라도 가업용 자산의 20퍼센트 이상을 처분하면 추징하도록 정하고 있었습니다. 상속인은 위반일이 속한 달 말일부터 6개월인 2020년 9월 30일까지 신고하지 않았고, 2021년 3월 7일 세무서가 공제분 상속세에 이자상당액을 얹어 고지했습니다.

상속인의 반론은 세 가지였습니다. 첫째, 이자상당액 조항은 아버지가 돌아가신 뒤인 2016년 12월에 신설됐으니 소급과세다. 둘째, 적용하더라도 신설 이후 사업연도부터 계산해야 한다. 셋째, 추징하면서 산출세액이 바뀌었으니 신고세액공제를 적용해 달라.

심판원은 셋 다 받지 않았습니다. 부칙이 시행 이후 개시하는 사업연도부터 적용한다고 정했으니 위반이 2020년에 있으면 적용되고, 부칙이 위헌인지는 헌법재판소가 판단할 일이지 심판원의 불복사유가 아니며, 이자 기산일은 시행령 문언대로 당초 신고기한 다음 날이고, 추징할 때 신고세액공제를 다시 적용하라는 규정은 없다는 것입니다.

제가 이 사건을 읽고 든 생각

결정문에서 제 눈에 들어온 것은 처분 시점입니다. 5년을 갓 넘긴 때였습니다. 상속인은 아마 「5년」이라는 숫자를 알고 있었을 것입니다. 당시 법은 5년이 지난 뒤에도 20퍼센트 기준으로 사후관리가 이어지는 구조였으니, 5년을 넘겼다고 안심할 수 있는 상황이 아니었습니다. 지금은 5년으로 통일되고 기준도 40퍼센트로 올라 단순해졌지만, 승계 설계에서 숫자 하나가 얼마나 무거운지 보여 주는 사건입니다.

이자상당액 부칙 논쟁은 상속인 입장에서 억울할 만합니다. 아버지가 돌아가실 때 없던 이자 조항이 위반 시점 기준으로 적용됐으니까요. 다만 심판원 말대로 그것은 법률의 문제라 심판원이 뒤집을 수 있는 것이 아니었습니다.

2026년 세제개편안도 짚어야 합니다. 정부안은 가업상속공제의 문턱을 크게 올립니다. 피상속인 경영기간 요건을 10년에서 30년으로, 사후관리를 5년에서 10년으로 바꾸고, 공제한도는 경영연수에 20억원을 곱해 30년 600억원, 50년 이상 최대 1천억원으로 확대하는 내용입니다. 반대로 제3자 승계, 즉 회사를 남에게 파는 경우에는 60세 이상 최대주주가 20년 이상 경영한 매출 5천억원 미만 기업을 팔 때 양도소득세의 20퍼센트를 감면(한도 경영연수 × 5천만원)하고, 인수자에게는 5년간 소득세·법인세를 10퍼센트 감면(연 5억원 한도)하는 안이 들어 있습니다. 모두 정부안이고 국회 심의가 남아 있어 확정된 것처럼 설계하면 안 되지만, 방향은 분명합니다. 자녀 승계는 어려워지고 매각 승계는 쉬워집니다.

부산 사례로 계산해 보겠습니다

아버지가 1996년 자본금 5억원으로 세운 부산의 제조법인이 있습니다. 30년을 경영하다 돌아가셨고 상속 당시 주식 평가액은 100억원, 사업무관자산은 없다고 하겠습니다. 배우자는 없고 자녀 한 명이 전부 상속하며 다른 재산은 없습니다. 10년 뒤 이 회사를 150억원에 매각합니다. 대주주의 중소기업 주식이라 양도소득세율은 과세표준 3억원까지 20퍼센트, 초과분 25퍼센트입니다.

A는 상속세가 없는 대신 양도세가 36억원입니다. 취득가액이 5억원이라 차익 145억원에 세율이 붙기 때문입니다. B는 상속세 41억 6천만원을 먼저 내고 양도세는 12억 3천만원, 합쳐 54억원입니다. 공제의 실제 효과는 A와 B의 차이인 약 18억원입니다. 상속세 42억 9천만원이 통째로 없어지는 것이 아니라, 그 세금을 10년 미루는 대신 양도세를 23억 8천만원 더 내는 것입니다.

물론 18억원은 큰 돈이고, 10년 동안 42억원을 회사에 남겨 둔 효과는 따로 있습니다. 그래서 공제는 받는 것이 맞습니다. 다만 「상속세 0원」이라는 말에 「팔 때 36억원」이 따라온다는 것을 알고 받아야 합니다.

C가 가장 나쁩니다. 5년 안에 팔았으니 공제 100억원이 다시 상속재산에 들어가 상속세 42억 9천만원이 그대로 나오고, 신고세액공제는 없으며, 신고기한 다음 날부터 2년 6개월치 이자 3억 3천만원이 붙습니다. 양도세는 취득가액이 여전히 5억원이라 36억 1천만원인데, 상증세법 제18조의2 제10항이 이월 취득가액 때문에 더 낸 양도세를 상속세에서 빼 줍니다. 그래도 합계 58억 6천만원으로, 공제를 아예 받지 않은 B보다 4억 6천만원 많습니다. 3년 뒤 팔 계획이 있었다면 공제를 받지 않는 편이 나았다는 뜻입니다.

21년 현장에서 드리는 팁

가업승계 상담을 시작하면 저는 상속세 시뮬레이션 옆에 매각 시뮬레이션을 반드시 같이 놓습니다. 위 표의 A와 B와 C를 그 회사 숫자로 다시 그리는 것입니다. 자녀가 회사를 계속 키울 생각이면 A로 가고, 5년 안에 팔 가능성이 조금이라도 있으면 C가 얼마나 나쁜지를 먼저 보여 드립니다.

그러면 답은 대체로 둘 중 하나로 정리됩니다. 공제를 받고 사후관리 5년을 온전히 채운 뒤 팔거나, 아니면 아버지 생전에 매각을 진행해 상속 자체를 현금으로 바꾸거나. 어느 쪽이든 상속이 개시된 뒤에 결정하면 늦습니다.

매각으로 가는 경우에는 인수자도 이 이월 취득가액을 압니다. 가업상속공제를 받은 회사의 주식은 파는 쪽 양도세가 크기 때문에 거래 구조 협상에서 그 부담이 가격에 반영됩니다. 세금은 거래의 마지막에 붙는 것이 아니라 구조를 짤 때 이미 들어가 있어야 합니다.