법인전환 양도세 이월과세 2026 총정리 — 자본금 1원 차이와 5년 사후관리

법인전환 이월과세는 개인사업자가 사업에 쓰던 공장·건물·토지 같은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도 방식으로 법인에 넘길 때, 그 양도세를 지금 걷지 않고 나중에 법인이 그 자산을 팔 때 법인세로 내게 하는 제도입니다. 근거는 조세특례제한법 제32조입니다.

상담실에서는 법인으로 바꾸면 양도세가 없다는 말을 자주 듣습니다. 절반만 맞습니다. 요건 하나를 놓치면 수억 원이 그대로 나오고, 받아 둔 뒤에도 5년 안에 지분을 정리하면 미뤄 둔 세금이 사장님 앞으로 돌아옵니다.

누가, 어떤 방식으로 받을 수 있나

거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업양수도로 법인전환하면 됩니다. 현물출자는 자산을 새 법인에 출자하고 주식을 받는 방식이고, 사업양수도는 사업을 하던 사람이 발기인이 되어 순자산가액 이상을 출자해 법인을 세운 뒤 설립일부터 3개월 안에 사업의 모든 권리와 의무를 포괄적으로 넘기는 방식입니다.

대상은 그 사업에 직접 쓰는 유형·무형자산이고 업무와 관련 없는 부동산은 빠집니다. 호텔업·여관업(관광숙박업 제외)이나 일부 주점업 같은 소비성서비스업 법인으로의 전환, 그리고 주택이나 주택을 취득할 수 있는 권리는 제외됩니다.

신청 시기도 정해져 있습니다. 현물출자나 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고 때(예정신고 포함) 새 법인과 함께 이월과세적용신청서를 내야 합니다.

자본금은 얼마 이상이어야 하나

새 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 순자산가액 이상이어야 합니다. 순자산가액은 전환일 현재 시가로 평가한 자산 합계에서 충당금을 포함한 부채 합계를 뺀 금액입니다. 자산이 시가 25억원이고 사업 관련 부채가 10억원이면 자본금은 15억원 이상이어야 합니다.

출자 직전에 받은 대출은 부채로 빼 주나

건물과 토지로 임대업을 하던 사업자가 2017년 4월 11일 그 건물을 담보로 대출을 받아 본인 계좌의 정기예금과 금융자산 투자에 썼습니다. 두 달 뒤 6월 16일 건물과 토지를 새 법인에 현물출자하는 계약을 맺고, 11월 17일 법인 앞으로 소유권이전등기를 마친 뒤 이월과세를 신청했습니다. 대출은 12월 21일 본인이 갚았고, 그 사이 채무자는 계속 개인이었습니다.

세무서는 이 대출을 사업과 무관한 가계자금으로 보고 순자산 계산에서 뺐습니다. 그러자 자본금이 순자산가액에 못 미쳤고, 2018년 12월 6일 이월과세를 배제해 양도세를 고지했습니다. 조세심판원은 대출 경위와 사용처로 보아 사업장과 관계없는 개인 채무이고, 순자산 이상 출자를 요구한 취지는 사업을 그대로 옮기라는 데 있다며 처분을 유지했습니다. 조심 2019부1188(2020. 3. 10. 기각)입니다.

반대 방향의 실수도 결과는 같았습니다. 이미 갚은 담보 채무를 착오로 부채에 넣어 순자산이 실제보다 작게 계산되는 바람에 자본금이 모자라게 된 사건도 배제됐습니다(조심 2018부0979, 2018. 7. 19. 기각). 내부에서 창출한 영업권은 기업회계기준상 무형자산이 아니어서 이월과세 대상 사업용고정자산으로 보기 어렵다고 한 결정도 있습니다(조심 2024중0442, 2024. 8. 29. 기각).

공장 20억원을 넘기면 세금은 얼마나 달라지나

가상 사례입니다. 부산 사상구 제조업 개인사업자가 2010년에 산 공장(토지·건물)을 2026년에 시가 20억원으로 새 법인에 현물출자합니다. 감가상각 조정을 마친 취득가액과 필요경비 합계는 5억원으로 가정했습니다. 보유 16년이라 장기보유특별공제 30퍼센트, 비사업용 토지 아님, 그해 다른 양도 없음, 기본공제 250만원을 적용했고 지방소득세는 따로 표시했습니다.

양도차익 15억원에서 장기보유특별공제 4억 5,000만원과 기본공제 250만원을 빼면 과세표준 10억 4,750만원이고, 45퍼센트 세율에서 누진공제 6,594만원을 빼면 산출세액 4억 543만 5,000원입니다. 지방소득세를 더하면 약 4억 4,598만원입니다.

요건을 갖추고 5년을 지키면 지금 내는 양도세는 0원입니다. 대신 법인이 그 공장을 팔 때 이 금액 상당을 법인세로 냅니다. 자본금이 모자라면 이 금액을 사장님이 지금 냅니다. 이월과세를 받은 뒤 3년 차에 주식 60퍼센트를 자녀에게 일반 증여하면, 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 사장님이 양도세로 내야 하고 자녀의 증여세는 따로입니다.

5년 사후관리, 무엇을 하면 다시 나오나

법인 설립등기일부터 5년 안에 둘 중 하나가 생기면 사장님이 이월과세액(법인이 이미 낸 세액 제외)을 양도세로 냅니다. 첫째, 법인이 승계받은 사업을 폐지하는 경우입니다. 승계 자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 폐지로 봅니다. 둘째, 사장님이 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하는 경우입니다.

처분에는 매각뿐 아니라 증여, 유상감자, 지분비율대로 하지 않는 무상감자가 들어갑니다. 사망·파산, 적격 합병·분할, 회생절차, 가업승계 증여세 과세특례를 받는 증여 등은 예외입니다. 특례 증여라면 수증자가 사후관리 지위를 이어받고 5년은 증여자의 보유기간을 합쳐 셉니다.

배우자와 식품제조업을 하던 사업자가 2017년 9월 25일 사업장 토지·건물을 현물출자해 주식 79.94퍼센트를 받고 이월과세를 적용받은 뒤, 같은 해 그 주식을 배우자와 자녀에게 모두 증여했습니다. 2020년 1월 30일 양도세가 고지됐고, 심판원은 50퍼센트 이상 처분 여부는 거주자별로 판단하며 공동사업자를 위한 특례도 없다며 기각했습니다. 조심 2020구1675(2020. 7. 14. 기각)입니다.

부동산임대업도 되나, 취득세는

양도세 이월과세 조문은 소비성서비스업 법인과 주택만 제외하므로 상가나 사무실 임대업도 요건을 갖추면 대상이 될 수 있습니다. 앞의 2019부1188 사건도 임대업이었고 쟁점은 업종이 아니라 자본금이었습니다.

취득세는 다릅니다. 법인전환으로 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산은 취득세의 100분의 50을 경감하지만 부동산 임대 및 공급업은 제외됩니다. 감면을 받아도 취득일부터 5년 안에 정당한 사유 없이 폐업하거나 재산·주식을 처분하면 추징되고, 다만 법인전환으로 취득한 주식의 100분의 50 미만 처분 등은 정당한 사유로 봅니다.

정리하며

법인전환을 맡으면 저는 감정평가서, 부채 명세, 자본금 계산표를 한 장에 놓고 출자 전날 다시 맞춥니다. 부채마다 그 돈이 사업에 쓰였는지 증빙으로 확인하고, 애매한 개인 대출은 출자 전에 정리하시도록 권합니다. 자녀에게 지분을 넘길 계획이 있으면 가업승계 증여세 과세특례와 묶고, 회사를 팔 생각이 있으면 그 시점이 5년 안인지부터 따집니다.

법인전환 이월과세는 양도세를 없애 주는 제도가 아니라 미뤄 주는 제도입니다. 자본금은 시가 순자산 이상, 부채는 사업 관련 부채만, 그리고 5년은 자산과 지분을 지키셔야 합니다. 법인전환을 검토하신다면 실행 전에 상담 신청으로 숫자부터 맞춰 보십시오.