안 사는 집 199만 채, 거주기간이 공제를 가릅니다

10월 6일 국정감사에서 숫자 하나가 나왔습니다. 전국 1세대1주택자 약 1,200만 명 가운데 그 집에 살지 않는 사람이 199만 명, 16.6퍼센트입니다. 서울은 189만 명 중 42만 명으로 22.3퍼센트입니다. 정부가 제출하지 않아 의원실이 따로 분석했다는 자료인데, 세제개편안이 거주를 기준으로 세금을 가르기 시작했으니 이 199만 명이 어디로 가느냐가 내년 이후 부동산 세금의 가장 큰 변수가 됐습니다.

상담에서 가장 많이 어긋나는 지점이 여기입니다. 많은 분이 비과세와 장기보유특별공제를 하나로 생각하십니다. 둘은 다른 제도이고, 거주요건이 붙는 자리도 다릅니다. 세를 준 해운대 아파트가 20억이면 비과세는 되지만 공제는 표1이라는 말이 무슨 뜻인지부터 풀어 보겠습니다.

비과세와 장기보유특별공제는 다른 문제

비과세는 양도가액 12억까지를 세금에서 빼 주는 제도입니다. 시행령 제154조 제1항은 2년 보유를 원칙으로 하고, 취득 당시에 조정대상지역에 있던 주택만 보유기간 중 2년 거주를 더 요구합니다. 취득 당시가 기준이므로 산 뒤에 조정지역이 됐다가 풀렸다 해도 상관이 없습니다. 부산은 2020년 11월 20일부터 2022년 9월 25일 사이 조정지역 시기에 그 지역에서 잔금을 치른 집이 아니면 2년 보유만으로 비과세입니다.

그런데 12억을 넘는 집은 넘는 부분이 과세됩니다. 시행령 제160조 제1항이 양도차익과 장기보유특별공제액에 각각 양도가액에서 12억을 뺀 금액을 양도가액으로 나눈 비율을 곱하도록 정하고 있습니다. 이 과세 부분에 적용하는 공제가 거주에 따라 갈립니다. 시행령 제159조의4가 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 1세대1주택에만 표2를 열어 주기 때문입니다. 2년 이상 살았으면 보유 연 4퍼센트 최대 40퍼센트에 거주 연 4퍼센트 최대 40퍼센트를 더해 최대 80퍼센트, 한 번도 안 살았으면 일반 자산과 같은 표1로 보유 연 2퍼센트 최대 30퍼센트입니다.

사건 1 — 이혼 전 배우자가 살던 기간을 뺐습니다

2013년 11월 8일 서울 아파트를 배우자와 70대 30으로 공동 취득해 온 가족이 함께 산 분이 있습니다. 2019년 7월 15일 본인과 자녀가 집을 나왔고 배우자만 그 집에 남아 살다가 2021년 3월 25일 전출했고, 그해 4월 20일 서울가정법원 판결로 이혼이 확정됐습니다. 11월 10일 재산분할로 배우자 지분을 넘겨받아 단독 소유가 됐고, 2023년 12월 1일 팔았는데 신고를 놓쳤습니다. 제주세무서는 2024년 12월 11일 양도세를 고지하면서 거주기간을 양도일 현재 세대원인 본인과 자녀가 산 5년 8개월로 보아 보유 40퍼센트, 거주 20퍼센트를 적용했습니다. 전 배우자가 주민등록상 그 집에 있던 7년 4개월은 뺀 것입니다.

집주인은 이혼 판결 전까지 배우자는 세대원이었으니 그 기간을 넣어야 한다고 주장했고, 세무서는 양도일 현재 세대원이 아닌 사람의 거주를 넣으면 그 사람이 가진 집까지 합산해야 하는 모순이 생긴다고 맞섰습니다. 조세심판원은 2025년 9월 17일 집주인의 손을 들었습니다(조심 2025부1588). 이혼 판결 선고일까지 전 배우자는 청구인의 세대였으므로 그 당시의 거주기간을 포함하는 것이 타당하고, 양도일이 아니라 이혼 판결일까지 합산하는 것이므로 양도일 당시 전 배우자를 세대원으로 인정하는 것이 아니며, 그 기간은 전 배우자가 자기 집을 팔 때 거주기간에서 빠지므로 부당하게 이중으로 인정받는 결과도 아니라는 것입니다. 전 배우자의 거주기간을 포함해 과세표준과 세액을 경정하라는 결정이었습니다.

사건 2 — 옛집에서 2년 살았지만 새 아파트에서는 안 살았습니다

1988년 8월 20일 서초구 집을 사서 2년 넘게 살다가 2006년 12월 27일 재개발 관리처분계획 인가를 받고 청산금을 내고 2010년 10월 29일 준공된 새 아파트를 받은 분이 있습니다. 새 아파트에서는 살지 않았고 2020년 10월 30일 팔면서 1세대1주택 고가주택으로 신고하며 당시 표2를 적용했습니다. 세무서는 2023년 9월 15일 경정했습니다. 재개발 주택의 양도차익은 시행령 제166조 제2항에 따라 청산금 납부분과 기존건물분으로 나누어 계산하고, 같은 조 제5항은 청산금 납부분의 보유기간을 관리처분계획 인가일부터 새 집 양도일까지로, 기존건물분의 보유기간을 기존건물 취득일부터 새 집 양도일까지로 정하고 있습니다. 새 집에서 2년 거주한 사실이 없으니 청산금 납부분에는 표1을 적용해야 한다는 것입니다.

조세심판원은 2024년 3월 27일 기각했습니다(조심 2024서0090). 청산금 납부분의 장기보유특별공제를 판단할 때 신축주택 거주기간과 종전주택 거주기간을 각각 판단하는 것이 법령 체계에 부합한다는 것입니다. 여기서 중요한 것은 범위입니다. 이 결정으로 표2에서 빠진 것은 청산금 납부분뿐이고, 기존건물분 양도차익에는 표2가 그대로 인정됐습니다. 재개발 아파트를 받고 세를 줬다고 해서 전부를 표1로 계산하는 것이 아닙니다.

제가 두 결정을 읽고 든 생각

첫째 결정은 거주기간이 집주인이 산 기간이 아니라 세대가 산 기간이라는 점을 분명히 했습니다. 상담에서 보면 본인은 직장 때문에 다른 도시에 있고 배우자와 자녀가 집에 사는 경우가 흔한데, 소득세법 제88조 제6호가 취학이나 질병 요양, 근무상 또는 사업상 형편으로 일시 퇴거한 사람을 세대원에 포함하고 있으니 그 기간은 거주기간입니다. 다만 이 괄호가 포함하는 대상은 직계존비속과 형제자매, 즉 세대원 쪽입니다. 떨어져 산 기간이면 무조건 들어간다고 읽으시면 안 됩니다.

둘째 결정은 집이 바뀌면 거주도 다시 시작이라는 점을 못 박았습니다. 다만 결론을 재개발 아파트는 전부 표1이라고 넓히면 틀립니다. 저는 두 결정 모두 조문에 충실한 결론이라고 보고 뒤집힐 가능성은 낮다고 봅니다. 한 가지 덧붙이면, 둘째 사건에 적용된 표2는 2020년 양도분에 적용되던 보유기간만으로 최대 80퍼센트인 구 표2입니다. 지금의 보유 40퍼센트와 거주 40퍼센트 2단 구조와는 다르니 결정문의 80퍼센트를 현행 표2로 바로 읽지 마십시오.

개편안은 거주 쪽으로 더 기울었습니다

2026년 9월 3일 국회에 제출된 정부안은 이 구조를 더 밀어붙입니다. 2028년에는 거주 연 6퍼센트 최대 60퍼센트, 보유 연 2퍼센트 최대 20퍼센트가 되고 공제액 한도 20억이 생깁니다. 2029년부터는 거주 공제만 연 8퍼센트로 최대 80퍼센트, 보유 공제는 폐지되고 한도는 10억이 됩니다. 2027년까지 양도분은 현행대로입니다. 기본공제는 시점이 한 해 빠릅니다. 1세대1주택이면서 양도가액 30억 이하인 집에 10년 이상 산 경우 연 250만원이 2,500만원으로 오르는데, 2027년 1월 1일 이후 양도분부터입니다. 종합부동산세는 9월 1일 수정안에서 비거주 1주택 공제를 9억으로 깎는 안이 철회돼 12억이 유지됐지만, 양도세는 그대로 갑니다.

해운대 가상 사례 — 거주 0년, 2년, 10년

가상의 사례입니다. 해운대 아파트를 2014년 8억에 사서 보유 12년 뒤 20억에 팝니다. 부산 비조정지역 1세대1주택이라 비과세는 되고, 양도차익 12억의 20분의 8인 4억 8,000만원이 과세됩니다. 필요경비는 없는 것으로 단순화했습니다. 현행에서 거주 0과 거주 10년의 차이는 약 1억 1,186만원이고, 2029년에는 약 1억 6,916만원으로 벌어집니다.

눈여겨볼 칸은 2년 거주입니다. 지금 세를 주고 있는 20억 집에 2년만 들어가 살면 현행 기준 약 4,952만원이 줄고, 2029년 기준으로도 약 3,379만원이 줄어듭니다. 2028년 전에 팔 수 없다면 2년 거주가 가장 현실적인 선택지입니다. 10년 이상 산 분은 개편안에서 오히려 세금이 약 660만원 줍니다. 기본공제 2,500만원 덕입니다.

상담 전에 확인하실 것

고가주택 양도 상담에서 제가 가장 먼저 떼는 서류는 세대원 전원의 주민등록초본입니다. 시행령 제154조 제6항이 거주기간을 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지로 정하고 있어서, 첫째 사건처럼 세대원 중 한 사람만 살았던 기간이 공제율을 20퍼센트 넘게 바꿉니다. 재개발 아파트는 관리처분 인가일과 준공일, 새 집 전입일을 같이 받습니다. 그리고 올해는 개편안 때문에 언제 팔 것인가를 묻는 분이 많은데, 저는 2029년 공제 0 칸을 보여 드리고 2년 거주가 가능한지부터 묻습니다.

법인이나 사업체를 승계하는 분께도 같은 말씀을 드립니다. 개인 명의 고가주택을 세 주고 회사 일에 매여 있는 대표님이 많은데, 승계 일정표에 집의 양도 시점을 같이 넣으면 2028년과 2029년 사이에서 세금이 수천만원 달라집니다. 회사 승계와 집 문제는 한 테이블에서 보는 것이 맞습니다.

정리하며

안 사는 1주택이 199만 명입니다. 비과세는 취득 당시 조정지역이 아니면 거주 없이 되지만, 12억 초과분의 공제는 거주가 결정합니다. 지금은 거주 0이면 표1로 최대 30퍼센트, 정부안대로라면 2029년부터는 0입니다. 거주기간은 세대가 산 기간이고 이혼 전 배우자의 거주도 들어가지만, 재개발로 집이 바뀌면 청산금 납부분은 다시 셉니다. 해운대 20억 가상 사례에서 2년 거주 하나가 현행 약 5천만원을 가릅니다. 세 준 집이 12억을 넘는다면 주민등록초본 한 장 들고 연락 주십시오. 거주기간과 양도 시점으로 세 가지 길의 숫자를 바로 내 드립니다.