장기보유특별공제, 보유기간은 언제부터 셀까요

장기보유특별공제를 찾아보시는 분이 부쩍 늘었습니다. 지난 8월 3일 정부가 세제개편안을 내면서 이 공제를 거주 중심의 장기거주소득공제로 바꾸겠다고 했기 때문입니다. 그런데 상담을 해 보면 개편안보다 먼저 걸리는 문제가 있습니다. 지금 제도에서도 보유기간을 언제부터 세는지를 잘못 알고 계신 분이 많습니다.

오늘은 2026년 현행 공제율표를 한 장으로 정리하고, 보유기간의 시작일이 갈리는 네 가지 경우를 짚은 다음, 재건축 아파트를 팔고 6년 뒤에 고지서를 받은 실제 사건을 소개하겠습니다. 마지막에 세제개편안이 통과되면 무엇이 달라지는지도 정리합니다.

2026년 현행 공제율

장기보유특별공제는 부동산을 3년 이상 보유하고 팔 때 양도차익에서 일정 비율을 빼 주는 제도입니다. 소득세법 제95조 제2항에 두 개의 표가 있습니다. 표1은 일반 부동산에, 표2는 1세대 1주택에 적용됩니다.

표1은 보유기간만 봅니다. 연 2퍼센트씩 올라가 15년에 30퍼센트로 끝납니다. 표2는 보유기간과 거주기간을 따로 계산해 더합니다. 각각 연 4퍼센트씩, 10년이면 40퍼센트씩이라 합쳐서 최대 80퍼센트입니다. 다만 거주기간 공제는 보유 3년 이상인 집에서 2년 이상 살았을 때부터 붙습니다. 2년 살았으면 8퍼센트입니다.

한 가지 더 짚어 두겠습니다. 표2는 12억원을 넘는 1세대 1주택, 이른바 고가주택에 의미가 있습니다. 12억원 이하 1세대 1주택은 비과세라 공제를 따질 일이 없고, 12억원을 넘으면 넘는 부분에 해당하는 양도차익에 표2를 적용합니다. 거주요건과 공제율의 관계는 8월 31일 자 칼럼에서 계산해 드렸습니다.

보유기간의 시작일이 갈리는 네 가지

공제율표는 외우기 쉽습니다. 문제는 보유기간을 어디서부터 세느냐입니다. 소득세법 제95조 제4항은 취득일부터 양도일까지라고 하면서 두 가지 예외를 둡니다. 실무에서는 여기에 재건축이 더해져 네 갈래가 됩니다.

배우자에게 증여받은 집을 10년 안에 팔아 이월과세가 적용되면, 취득가액만 증여자의 것으로 바뀌는 게 아니라 보유기간도 증여자가 취득한 날부터 셉니다. 반대로 상속은 상속개시일부터입니다. 부모님이 30년을 보유하셨어도 상속인의 장기보유특별공제 보유기간은 사망일부터 새로 시작합니다. 비과세 판정 때 동일세대 상속주택의 보유기간을 합산하는 것과 헷갈리기 쉬운데, 장기보유특별공제는 다릅니다.

그리고 재건축입니다. 구축 아파트를 샀다가 관리처분계획인가를 거쳐 새 아파트를 받고, 그 새 아파트를 파는 경우입니다. 보유기간을 구축 취득일부터 세는지, 새 아파트 준공일부터 세는지에 따라 공제율이 크게 달라집니다. 오늘 사건이 바로 이것입니다.

신고를 마친 지 6년 뒤에 온 고지서

조세심판원 조심 2026중0088 사건입니다. 2026년 5월 14일 결정입니다. 서울 서초구 아파트이지만 부산의 재건축 단지에도 그대로 적용되는 쟁점이라 골랐습니다.

청구인 부부는 2009년 2월 23일 서초구의 구축 아파트를 취득했고, 2010년 2월 1일 지분 3분의 1을 배우자에게 증여했습니다. 이 아파트는 그보다 훨씬 전인 2005년 5월 19일에 재건축 사업시행인가를 받아 둔 상태였고, 2010년 8월 24일 관리처분계획인가가 나면서 조합원입주권으로 바뀌었습니다. 2016년 8월 30일 새 아파트가 준공됐고, 부부는 2019년 8월 30일 이 새 아파트를 팔았습니다.

부부는 1세대 1주택 고가주택으로 보아 신고했습니다. 보유기간은 구축 아파트를 산 2009년과 2010년부터 계산했습니다. 그렇게 장기보유특별공제를 적용해 2019년 9월 5일 양도소득세를 신고하고 냈습니다. 여기까지는 아무 일이 없었습니다.

고지서는 6년 뒤에 왔습니다. 2025년 5월 1일, 분당세무서는 보유기간을 새 아파트 준공일인 2016년 8월 30일부터 계산해야 한다며 양도소득세를 경정 고지했습니다. 2019년 양도분의 부과제척기간 5년이 끝나는 2025년 5월 31일을 한 달 앞둔 시점이었습니다. 근거는 같은 쟁점으로 다른 납세자가 다툰 서울고등법원 2023누58345 판결이었습니다. 2024년 10월 17일 선고된 그 판결은 과세가 적법하다고 봤습니다.

세무서는 왜 준공일부터라고 했을까요

논리는 이렇습니다. 구축 아파트가 입주권이 됐다가 다시 새 아파트가 되는 과정에서, 입주권으로 있던 기간을 주택 보유기간으로 인정해 주는 근거는 소득세법 시행령 제155조 제16항입니다. 그런데 2005년 5월 31일 개정되기 전의 이 조항은 재건축의 경우 사업시행인가일 현재 기존주택을 소유한 조합원에게만 특례를 줬습니다. 이 아파트의 사업시행인가는 2005년 5월 19일이었고, 부부는 그 뒤인 2009년에 샀습니다. 그러니 입주권 기간은 1세대 1주택으로 인정되지 않고, 결국 구축 취득일부터 새 아파트 양도일까지를 통산할 수 없다는 것이었습니다.

고등법원이 이 논리를 받아들였으니 세무서로서는 같은 처지의 납세자를 같은 기준으로 과세한 셈입니다. 세무서 의견에도 그 말이 그대로 나옵니다. 청구인들만 과세에서 빼 줄 수는 없다는 것입니다.

심판원의 답

조세심판원은 처분을 취소했습니다. 이유는 세 가지입니다.

• 재건축에서 조합원입주권은 관리처분계획인가를 받아야 생깁니다. 2003년 7월 1일 시행된 도시정비법이 그렇게 정하고 있고, 2006년 1월 1일 시행된 소득세법 제89조 제2항도 관리처분계획의 인가로 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권이라고 명확히 규정합니다. 부부는 관리처분인가일인 2010년 8월 24일 전에 구축 아파트를 샀습니다. 입주권을 산 것이 아니라 주택을 산 것입니다.
• 세무서가 든 옛 시행령 제155조 제16항은 조합원입주권 자체를 양도할 때 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있는 조합원이 누구인지를 정한 규정입니다. 재건축으로 지어진 새 아파트를 양도할 때 그 취득시기를 언제로 볼지까지 정한 규정이 아닙니다. 조세심판원은 이 해석을 조심 2024서5737 조세심판관합동회의 결정(2025년 9월 25일)에서 이미 한 차례 내렸고, 이번 사건도 같은 뜻이라고 했습니다.
• 2005년 개정 시행령의 부칙 제4조는 개정 전에 사업시행인가를 받은 재건축 조합원에 대해 1세대 1주택 특례와 양도차익 산정을 종전 규정에 따르도록 했습니다. 개정 전 취득자를 불리하게 만들려는 규정이 아니라 오히려 보호하려는 규정이라는 뜻입니다.

결론은 부부가 구축 아파트라는 주택을 취득해 재건축을 거친 새 아파트를 양도한 것이므로, 보유기간은 구축 취득일부터라는 것입니다.

부산 재건축 아파트로 계산해 보겠습니다

부산 수영구의 재건축 단지를 예로 들겠습니다. 2010년에 구축 아파트를 3억원에 사서 살다가 관리처분인가와 준공을 거쳐 2019년 새 아파트에 입주했고, 2026년 15억원에 판다고 하겠습니다. 구축과 신축을 합쳐 실제로 산 기간은 10년 이상이고, 1세대 1주택입니다. 12억원 초과분에 해당하는 과세 양도차익은 12억원 곱하기 15분의 3, 2억 4천만원입니다.

구축 취득일부터 세면 보유 16년, 거주 10년으로 표2 최대치인 80퍼센트가 적용됩니다. 준공일부터 세면 보유 7년이 되고, 거주도 신축 입주 뒤로만 잡히면 7년입니다. 28퍼센트 더하기 28퍼센트, 56퍼센트입니다. 보유기간의 시작일 하나로 세금이 네 배 가까이 벌어집니다. 참고로 거주 없이 보유만 16년이었다면 표2가 열리지 않아 표1의 30퍼센트가 적용됩니다.

위 계산은 기본공제 250만원과 현행 누진세율을 적용한 것이며, 취득가액 외의 필요경비와 재건축 추가분담금은 넣지 않았습니다. 실제 사안은 분담금, 거주기간의 정확한 산정, 관리처분인가 전후 양도차익 구분에 따라 달라집니다.

세제개편안이 통과되면 무엇이 달라지나

2026년 8월 3일 정부가 발표하고 9월 1일 국무회의에서 의결한 세제개편안은 장기보유특별공제를 장기거주소득공제로 바꿉니다. 보유에 대한 공제를 단계적으로 없애고 거주에 대한 공제로 옮기는 것입니다.

지금은 보유 10년, 거주 10년이면 각각 40퍼센트씩 80퍼센트입니다. 2028년에는 보유 쪽이 연 2퍼센트로 줄고 거주 쪽이 연 6퍼센트로 늘어 합계는 그대로 80퍼센트입니다. 2029년부터는 보유공제가 없어지고 거주 연 8퍼센트만 남습니다. 오래 갖고 있었지만 살지 않은 집은 공제가 사실상 사라집니다. 공제액에 한도도 생깁니다. 2028년 20억원, 2029년부터 10억원입니다.

정부안은 조정대상지역 주택에 대해서는 다주택자의 거주공제도 배제합니다. 이 내용은 정부안이고 국회 심의에서 바뀔 수 있습니다. 다만 방향 자체는 분명합니다. 보유만으로 받는 공제는 줄고, 거주하지 않은 고가주택의 세부담은 늘어납니다. 비거주 상태로 오래 보유한 집이 있으시다면 2028년 전환기 이전에 파는 것과 그 뒤에 파는 것을 지금부터 비교해 보셔야 합니다.

실무에서 놓치기 쉬운 지점

첫째, 재건축 아파트는 취득 시점이 관리처분인가 전인지 후인지를 먼저 보십시오. 인가 전에 산 구축 아파트라면 오늘 사건처럼 구축 취득일부터입니다. 인가 후에 입주권을 산 것이라면 조합원으로부터 승계취득한 입주권이라 장기보유특별공제 자체가 배제됩니다.

둘째, 재건축 아파트의 양도차익은 관리처분인가 전후로 나눠 계산합니다. 소득세법 제95조 제2항 괄호도 조합원입주권을 양도하는 경우의 공제 대상을 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있습니다. 오늘 사건은 보유기간 기산일 문제이고, 차익 구분은 그와 별개의 문제입니다. 둘 다 챙기셔야 합니다.

셋째, 거주기간은 주민등록이 아니라 실제 거주로 봅니다. 다만 입증은 주민등록초본이 기본입니다. 재건축 기간 중 이주했다가 새 아파트로 돌아온 경우, 구축에서 산 기간과 신축에서 산 기간이 모두 거주기간에 들어갑니다. 이주 기간은 빠집니다.

넷째, 증여받은 집은 이월과세 여부부터 확인하십시오. 이월과세가 적용되면 취득가액도 보유기간도 증여자 기준입니다. 이월과세가 적용되지 않는 경우에는 증여받은 날부터입니다.

다섯째, 6년 뒤에도 고지서가 올 수 있습니다. 이 사건은 부과제척기간 만료 한 달 전에 경정이 이루어졌습니다. 신고를 마쳤다고 끝난 것이 아닙니다. 쟁점이 되는 사안이라면 신고 당시의 계산 근거를 서류로 남겨 두셔야 나중에 다툴 수 있습니다.

21년 현장에서 드리는 말씀

이 사건에서 제가 가장 눈여겨본 대목은 고등법원과 조세심판원의 결론이 갈렸다는 점입니다. 세무서는 법원 판결을 근거로 과세했고, 심판원은 그 판결이 법령을 잘못 해석했다고 본 것입니다. 대법원 결론이 나오기 전까지는 어느 쪽도 확정이 아닙니다. 이런 쟁점은 신고 단계에서 유리한 쪽으로 신고하되, 불리한 결론이 나올 경우를 대비해 경정청구와 불복 기한을 달력에 적어 두는 것이 현실적인 대응입니다.

그리고 하나만 더 말씀드리겠습니다. 보유기간의 기산일은 주택만의 문제가 아닙니다. 가업승계나 지분 정리에서도 취득 시기가 어디서 시작되는지에 따라 세금이 달라지는 경우가 많습니다. 증여로 넘긴 지분, 상속으로 받은 지분, 합병으로 바뀐 지분은 각각 기산일 규정이 다릅니다. 부동산이든 주식이든 무엇을 언제 취득한 것으로 보는지를 먼저 확인하는 습관이 세금을 줄입니다.