불복해도 세금은 내야 합니다

양도세 고지서를 받고 조세심판원에 심판청구를 하면 법에는 90일 안에 결정하라고 되어 있습니다. 2025년에 결정이 나온 7,869건 중 6,853건, 87.1퍼센트가 그 90일을 넘겼습니다. 국세 사건만 보면 4,092건이 초과해 88.0퍼센트이고 평균 처리기간은 204일이었습니다. 2023년에는 절반, 2024년에는 열에 여섯이 넘겼는데 작년에는 열에 아홉입니다.

고지서를 받고 불복을 결심한 분이 제게 가장 많이 묻는 것은 그러면 세금은 내고 기다려야 하나요입니다. 답은 불복을 해도 납부의무는 그대로라는 것이고, 그래서 기다리는 일곱 달 동안 무엇을 해 두느냐로 수백만원이 갈립니다. 오늘은 고지서를 받은 날부터를 날짜 순서로 정리하고, 올해 8월 결정된 상생임대 사건으로 그 시계가 실제 어떻게 돌아가는지 본 뒤, 1억원 고지 사건의 돈 차이를 계산합니다.

고지서를 받은 날부터 — 날짜 순서

표에서 날짜가 셋 중요합니다. 첫째는 고지서를 받은 날부터 90일입니다. 이의신청이든 심사청구든 심판청구든 모두 90일 안에 내야 하고, 하루라도 지나면 내용을 보지도 않고 각하됩니다. 둘째는 고지서에 적힌 납부기한입니다. 국세징수법은 납부기한을 고지하는 날부터 30일 이내의 범위에서 정하도록 하고 있고, 그날까지 안 내면 그 다음 날 3퍼센트가 붙은 뒤 매월 0.67퍼센트가 쌓입니다. 셋째는 심판청구를 낸 날부터 90일입니다. 이 날이 지나면 결정이 안 나와도 행정소송을 낼 수 있는 선택권이 생깁니다.

그리고 고지서보다 앞서 오는 종이가 있습니다. 과세예고통지입니다. 100만원 이상을 고지하려면 세무서가 먼저 예고를 하는데, 이때 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수도 있고, 반대로 다툴 것은 심판원에서 다툴 테니 빨리 고지서를 달라고 조기결정신청을 할 수도 있습니다. 국세기본법 제81조의15 제8항은 신청을 받으면 세무서가 즉시 결정하거나 경정결정해야 한다고 정하고 있고, 국세청 사무처리규정은 그때 고지일을 조기결정신청서의 접수일로 본다고 합니다. 가산세 시계가 거기서 멈춘다는 뜻입니다.

사건 — 상생임대 비과세 사건의 시계

경기도의 한 아파트를 2020년 9월 9일 취득하면서 취득 전인 6월 13일에 이미 임차인과 임대차계약을 맺었던 분이 2025년 6월 27일 그 집을 팔았습니다. 상생임대주택 특례로 거주요건 없이 1세대1주택 비과세를 신고했는데, 세무서는 취득한 후 체결한 계약만 직전 임대차계약이라는 시행령 문언을 들어 12월 2일 과세예고통지를 하고 2026년 1월 12일 양도세를 경정·고지했습니다. 고지세액에는 법정 납부기한 다음 날인 2025년 9월 1일부터 과세예고통지일까지 92일분, 하루 0.022퍼센트의 납부지연가산세가 들어 있었습니다.

납세자는 2026년 2월 23일 심판청구를 했고 조세심판원은 8월 11일 기각했습니다(조심 2026소1628). 청구 후 169일입니다. 본안은 시행령 문언대로 취득 전 계약은 직전 임대차계약이 아니고, 갱신계약을 직전계약으로 보더라도 상생임대차계약 기간 2년이 차기 전에 팔았다는 것이었습니다. 제가 이 사건을 고른 이유는 두 번째 쟁점입니다. 납세자는 세무서가 조기결정신청 제도를 안내하지 않아 가산세 기간이 부당하게 늘었다고 주장했는데, 심판원은 과세예고통지에 붙임으로 첨부된 권리구제 절차 안내에 조기결정신청을 할 수 있다는 내용이 기재되어 있어 제도를 안내받지 못한 것으로 보이지 아니한다고 했습니다.

1억 고지서, 내고 다툴까 안 내고 다툴까

안 내고 기다리다 기각되면 약 702만원이 추가되고, 내고 기다리다 인용되면 약 173만원을 더 돌려받습니다. 두 선택의 간격이 870만원입니다. 가산세는 연 8퍼센트 남짓이고 환급가산금은 연 3.1퍼센트라 기다리는 동안 붙는 이자가 세무서 쪽이 두 배 반 비쌉니다. 2025년 심판청구 인용률은 23.5퍼센트였습니다. 이기는 쪽에 걸고 안 내는 선택이 유리하려면 그 사건이 평균보다 훨씬 강해야 합니다.

그래서 저는 자금이 되는 분께는 일단 내고 다투자고, 자금이 안 되는 분께는 다툼이 없는 부분이라도 먼저 내자고 말씀드립니다. 고지세액 중 일부만 내면 가산세는 남은 금액에만 붙습니다. 한 가지 덧붙이면, 작년 말 시행령이 바뀌어 심판이나 소송으로 이긴 환급금을 세무서가 결정 확정일부터 40일이 지나서 지급하면 환급가산금 이율이 1.5배인 연 4.65퍼센트가 됩니다. 이겼는데 환급이 늦으면 그 이율을 확인하십시오.

제가 이 숫자들을 보고 든 생각

204일이라는 평균은 납세자가 바꿀 수 없습니다. 바꿀 수 있는 것은 그 204일이 돈으로 얼마가 되느냐와, 그 기간에 사건을 얼마나 단단하게 만드느냐입니다. 앞의 것은 위 표의 선택이고, 뒤의 것은 서류입니다. 심판원은 서면 심리가 원칙이지만 심판관회의에 출석해 소명할 수 있고, 처분청 의견서가 오면 항변서를 낼 수 있습니다. 상생임대 사건처럼 문언 해석이 쟁점이면 기다리는 동안 할 수 있는 일이 적지만, 거주 사실이나 취득가액, 필요경비처럼 사실관계가 쟁점이면 그 일곱 달이 증거를 모으는 시간입니다.

그리고 과세예고 단계가 생각보다 중요합니다. 과세전적부심사는 30일 안에 결정이 나오고, 2023년 한 해 과세전적부심에서 인용된 세액이 9,390억원이었습니다. 다툴 만한 사건이면 고지서가 나오기 전에 한 번 더 세무서를 설득할 기회이고, 어차피 심판원에서 다툴 사건이면 조기결정신청으로 가산세 시계를 멈추는 편이 낫습니다. 어느 쪽이든 과세예고통지서를 받고 30일을 그냥 보내는 것이 가장 손해입니다.

기다리는 동안 해야 할 것

체크리스트에 적은 것 중 하나만 더 풀겠습니다. 과세전적부심사를 청구했는데 세무서가 30일 안에 결정을 통지하지 않으면, 국세기본법 제48조 제2항 제3호 가목이 그 지연기간에 해당하는 납부지연가산세를 50퍼센트 감면하도록 하고 있습니다. 청구해 놓고 잊고 계시다가 뒤늦게 고지서를 받으신 분이라면 통지일을 세어 보십시오. 그리고 납부기한 연장은 재난이나 도난, 사업의 현저한 손실, 본인이나 동거가족의 6개월 이상 치료가 필요한 질병 같은 사유가 있을 때이고, 불복 중이라는 이유만으로는 연장 사유가 되지 않습니다.

주식 양도세나 해외주식 신고 누락으로 고지서를 받은 분도 같은 시계입니다. 다만 그쪽은 거래 내역이 전산으로 확정돼 있어 사실관계 다툼보다 취득가액 산정과 가산세 감면 쟁점이 많고, 조기결정신청으로 가산세 기간을 끊는 것이 더 자주 쓰입니다.

정리하며

양도세 고지서를 받으면 90일 안에 불복해야 하고, 불복을 해도 세금은 내야 합니다. 안 내면 납부기한 다음 날 3퍼센트, 그 뒤 매월 0.67퍼센트가 붙고, 내고 이기면 연 3.1퍼센트가 돌아옵니다. 심판원 결정은 법정 90일이지만 2025년에는 열에 아홉이 넘겨 국세 평균 204일이 걸렸습니다. 1억원 고지 사건에서 안 내고 기각되면 약 702만원, 내고 인용되면 약 173만원입니다. 과세예고통지 단계에서 과세전적부심사나 조기결정신청을 고르고, 기다리는 동안 납부 계획과 항변서, 증거를 챙기십시오. 고지서나 과세예고통지서를 받으셨다면 날짜가 지나기 전에 연락 주십시오. 통지서 한 장과 신고서만 있으면 불복 가능성과 납부 계획을 그 자리에서 잡아 드립니다.