임대사업자 양도세 2026 총정리 — 말소하면 어떻게 되나
등록 임대주택이 있어도 거주주택은 비과세받을 수 있습니다. 다만 등록 시기가 혜택의 범위를 정하고, 임대료와 말소 방식이 그 유지를 정합니다. 1년 8개월 만에 자진말소해 비과세가 취소된 사건과, 재건축으로 말소된 뒤 재등록이 막힌 사건을 함께 읽었습니다.
글 · 박성일 세무사 (세무법인한영 서면지점 대표세무사)

핵심 요약
- 01혜택은 셋입니다. 다주택 중과배제, 거주주택 비과세, 장기보유특별공제 특례입니다. 셋 모두 등록 시기와 주택 유형, 임대기간, 임대개시일 기준시가, 임대료 5퍼센트 증액 제한을 갖춰야 합니다.
- 02거주주택에서 2년 이상 살았고 임대주택이 양도일 현재 등록과 임대를 유지하며 임대료 증가율이 5퍼센트 이하라면, 거주주택은 1주택으로 보아 비과세됩니다.
- 03말소 후 5년 특례는 2020년에 폐지된 유형, 즉 단기임대와 아파트 장기일반 매입임대에만 해당합니다. 자동말소이거나 의무기간의 절반 이상 임대한 뒤의 자진말소여야 합니다.
- 04아파트 장기일반과 단기 매입임대의 중과배제는 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도해야 받습니다. 비아파트와 건설임대에는 이 기한이 없습니다.
- 05부산은 2022년 9월 26일 해제돼 지금은 중과가 없습니다. 그래서 부산 임대사업자에게는 거주주택 비과세와 장특공 특례의 사후관리가 세금을 가릅니다.
임대사업자 양도세는 주택을 지방자치단체와 세무서에 등록해 임대하시는 분이 집을 팔 때 받는 세 가지 혜택과 그 사후관리를 말합니다. 다주택 중과배제, 거주주택 비과세, 장기보유특별공제 특례입니다. 셋 모두 등록 시기와 주택 유형, 임대기간, 임대개시일 기준시가, 그리고 임대료 5퍼센트 증액 제한을 갖춰야 적용됩니다.
제도가 여러 차례 바뀌어 지금은 등록증의 날짜가 혜택의 범위를 정합니다. 표로 보겠습니다.

등록 시기에 따라 무엇이 달라지나
2018년 4월 1일과 2020년 7월 11일이 갈림길입니다. 2018년 3월 31일까지 등록하셨다면 단기와 장기 5년으로도 중과배제가 됐지만, 2018년 4월 1일부터는 장기일반 8년만 가능해졌습니다. 2020년 7월 11일부터는 아파트 매입임대와 단기 신규 등록분이 아예 빠졌습니다.
그리고 2020년 8월 18일부터 단기임대와 아파트 장기일반 매입임대가 폐지됐습니다. 그 전에 이 두 유형으로 등록하신 주택은 의무기간이 끝나는 날 자동으로 말소됩니다. 비아파트 장기일반 같은 다른 등록분은 자동말소 대상이 아닙니다. 비아파트는 지금도 장기일반 10년이나 2025년 6월 4일 신설된 6년 단기로 등록할 수 있습니다.
임대주택이 있어도 거주주택 비과세를 받을 수 있나
받으실 수 있습니다. 거주주택에서 2년 이상 사셨고, 양도일 현재 임대주택이 구청 등록과 세무서 사업자등록을 유지한 채 임대 중이며, 임대료 증가율이 5퍼센트 이하여야 합니다. 12억원을 넘는 부분은 과세됩니다.
임대기간을 채우기 전에 거주주택을 먼저 파실 수도 있습니다. 다만 나중에 임대기간을 못 채우시면 그 달 말일부터 2개월 안에 세금을 신고하고 납부하셔야 합니다. 생애 한 차례라는 제한은 2025년 2월 28일 이후 양도분부터 없어졌습니다.
말소하면 어떻게 되나
말소 방식에 따라 다릅니다. 그리고 아래 특례는 2020년 법 개정으로 폐지된 유형, 즉 단기임대와 아파트 장기일반 매입임대에만 해당한다는 점을 먼저 짚겠습니다. 다른 유형의 말소는 여기에 들어가지 않습니다.
자동말소는 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 자진말소는 의무기간의 2분의 1 이상 임대하신 경우에만 그렇게 봅니다. 이때 거주주택은 말소일, 임대주택이 두 채 이상이면 최초로 말소된 날부터 5년 안에 파셔야 합니다. 중과배제를 받으시려면 자진말소 후 1년 안에 임대주택을 파셔야 합니다. 2026년 10월 개정으로 이 5년 특례에는 2027년 말 양도기한이 적용되지 않는다고 명시됐습니다.
1년 8개월 만에 자진말소하면
거주주택 비과세가 취소됩니다. 대전 유성구 집에 사시던 분이 평택 주택 두 채를 2019년 12월 30일 단기임대로 등록하셨습니다. 의무기간은 4년이었습니다. 2020년 11월 12일 거주주택을 특례로 비과세 신고하셨고, 2021년 8월 27일 말소를 신청하셨습니다.
임대기간은 약 1년 8개월로 절반에 못 미쳤습니다. 세무서가 2025년 4월 7일 고지했고, 심판원은 2025년 11월 24일 본세를 유지했습니다. 조심 2025전2160입니다. 다만 지방자치단체 안내에 따라 말소하셨고 같은 임차인에게 계속 임대하신 점을 들어 과소신고가산세만 취소했습니다.
재건축으로 말소됐다면
팔 때 등록이 없으면 어렵습니다. 서울 강동구 아파트를 2012년 8월 10일 매입임대주택으로 등록했는데 재건축으로 2017년 3월 13일 말소됐습니다. 준공 후 2020년 3월 3일 재등록을 신청했지만 접수가 거절됐습니다. 7월 10일 대책으로 아파트 등록 길이 막힌 뒤였습니다.
2021년 1월 29일 거주주택을 팔아 비과세로 신고했지만 2025년 3월 5일 고지가 나왔고, 심판원은 2026년 2월 10일 기각했습니다. 조심 2025중2003입니다. 양도일에 등록이 없었고, 말소 후 5년 특례는 법 개정에 따른 자진말소와 자동말소에만 해당한다는 이유였습니다.
등록할 때의 약속이 아니라 팔 때의 서류
두 분 모두 정책에 맞춰 움직이셨습니다. 한 분은 말소 안내에 협조했고, 한 분은 다시 등록하려 했습니다. 그래도 본세는 조문대로였고 심판원은 가산세 하나만 덜어 주었습니다. 임대사업자 양도세는 등록할 때의 약속이 아니라 팔 때의 서류로 판단됩니다.
중과배제는 언제까지인가
아파트 장기일반과 단기 매입임대는 2027년 12월 31일까지입니다. 의무기간이 2027년 이후 끝나면 말소일부터 1년, 기한 전에 재건축 조합설립인가가 있으면 이전고시일부터 1년 등 가장 늦은 날까지 인정됩니다. 비아파트와 건설임대에는 이 기한이 없습니다.
2028년 중과세율 절반 같은 단계안은 정부 개편안으로 보도됐을 뿐 현행 시행령에는 없습니다. 조정대상지역의 매입임대 아파트를 공공에 팔 때 양도세를 추가로 감면하는 방안도 검토한다는 발언이 있었지만 세부 요건은 아직 정해지지 않았습니다.
장기보유특별공제 50퍼센트와 70퍼센트
2020년 말까지 장기일반으로 등록한 매입임대 중 국민주택규모이고, 임대개시일의 기준시가가 6억원, 수도권 밖은 3억원 이하이며, 임대료 5퍼센트를 지킨 주택입니다. 8년 이상 임대하면 50퍼센트, 10년 이상이면 70퍼센트입니다. 아파트가 자동말소되면 8년 임대한 것으로 봅니다.
다만 특례율이 임대기간 중의 차익에 한정될 수 있어, 취득한 지 한참 뒤에 등록하셨다면 계산이 달라집니다. 2018년 말까지 취득해 3개월 안에 장기일반으로 등록하고 10년을 임대한 경우의 100퍼센트 감면 규정도 현행 조문에 남아 있습니다.
부산에서는 세금이 얼마나 갈리나
가상의 계산입니다. 해운대 아파트에 8년 사신 세대가 부산진구 다세대를 2019년에 장기일반 8년으로 등록했다고 하겠습니다. 임대주택은 국민주택규모이고 임대개시일 기준시가 3억원 이하, 임대료 5퍼센트를 지켰습니다. 부산은 비조정입니다.

거주주택은 특례 하나로 0원과 1억원대가 갈립니다. 임대주택을 먼저 파시는 경우라면 양도세는 일반세율입니다. 7년에는 50퍼센트를 받을 수 없고 의무기간 중 매도는 과태료 문제도 생깁니다. 8년을 채우시면 약 1,892만원이 줄어듭니다.
정리하며
상담에서 제가 가장 먼저 여쭙는 것은 등록증의 날짜입니다. 임대주택마다 등록일과 유형, 임대개시일 기준시가, 계약별 임대료, 의무기간 종료일, 말소일을 한 장에 적고 거주주택을 팔 마지막 날을 표시해 드립니다. 갱신 계약서의 보증금이 5퍼센트를 넘는지는 꼭 계산해 보십시오.
임대사업자 양도세는 등록 시기가 혜택의 범위를, 임대료와 말소 방식이 그 유지를 결정합니다. 출구전략은 말소일과 거주주택 매도일, 임대주택 매도일의 순서를 정하는 일입니다. 폐지된 유형이라면 최초 말소일부터 5년을 달력에 적어 두십시오.
등록 임대주택을 가지고 계시다면 상담 신청으로 남겨 주십시오. 등록증 날짜부터 매도 기한까지 한 장으로 정리해 드리겠습니다.
자주 묻는 질문
- Q. 임대사업자 등록을 말소하면 양도세 혜택이 모두 사라지나요.
- 모두 사라지지는 않습니다. 2020년에 폐지된 단기임대와 아파트 장기일반 매입임대가 자동말소되거나 의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 자진말소된 경우라면, 최초 말소일부터 5년 안에 거주주택을 파실 때 비과세를 받으실 수 있습니다. 다른 유형의 말소는 해당하지 않으니 개별 확인이 필요합니다.
- Q. 임대료를 5퍼센트 넘게 올리면 어떻게 되나요.
- 세 가지 혜택의 요건을 모두 잃으실 수 있습니다. 증액한 뒤 1년 안에는 다시 올릴 수 없습니다. 거주주택 비과세와 중과배제의 5퍼센트 요건은 2019년 2월 12일 이후 체결하거나 갱신한 계약부터 적용됩니다.
- Q. 거주주택 비과세는 평생 한 번만 받을 수 있나요.
- 2025년 2월 28일 이후 양도분부터 횟수 제한이 없습니다. 다만 임대하던 집을 거주주택으로 바꾸신 경우에는 직전 거주주택 양도일 이후의 차익만 비과세됩니다.
- Q. 자진말소했다면 임대주택은 언제까지 팔아야 중과가 빠지나요.
- 자진말소 후 1년 안입니다. 그리고 의무기간의 2분의 1 이상 임대하셨어야 합니다.
- Q. 부산 임대사업자도 2027년 말까지 팔아야 하나요.
- 부산이 비조정인 동안은 그 기한을 넘기셔도 다주택 중과가 없습니다. 다만 2027년 이후 새로 조정대상지역으로 지정되면 공고일부터 1년의 유예가 있습니다.
- Q. 단기임대로 등록한 빌라도 거주주택 비과세가 되나요.
- 2020년 7월 10일 이전에 등록을 신청하셨고 가액과 임대료 요건을 지키셨다면 대상입니다. 4년 뒤 자동말소되면 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다.
- Q. 임대주택을 공공에 팔면 양도세가 감면되나요.
- 2026년 10월 현재 확정된 추가 감면은 없습니다. 정부가 검토 중이라고만 밝힌 단계이니 확정 전에는 계획에 넣지 마십시오.
출처
- 소득세법 제104조 제7항
- 소득세법 시행령 제155조 제20항~제23항, 제167조의3 제1항 제2호·제11항, 제167조의10 제1항 제2호
- 조세특례제한법 제97조의3, 제97조의4, 제97조의5 / 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항
- 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제1항 제11호·제5항
- 조심 2025전2160 (2025. 11. 24. 일부 인용 — 과소신고가산세만 취소)
- 조심 2025중2003 (2026. 2. 10. 기각)
- 2026 양도소득세 실무해설 326~328쪽, 332쪽, 391~393쪽, 584~586쪽
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이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며, 개별 사안의 결론은 취득·양도 시기와 재산의 종류, 가족 구성에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 신고 전에는 반드시 세무 전문가의 검토를 받으시기 바랍니다.
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