거주주택 비과세를 받았는데 임대기간을 못 채우면요

등록 임대주택 세제는 2020년 7·10 대책 이후 거의 매년 흔들렸습니다. 이번에도 조정대상지역 아파트 매입임대주택의 양도소득세 혜택을 단계적으로 줄이는 안이 나와 있어, 「내 임대주택은 어디에 해당하느냐」를 묻는 전화가 늘 것입니다.

그런데 제 경험으로는 상담에서 사고가 나는 자리는 중과나 장기보유특별공제가 아니라 거주주택 비과세의 사후관리입니다. 지금 남아 있는 혜택이 무엇인지 정리하고, 그 혜택이 얼마나 쉽게 되돌아오는지를 조세심판원 사건으로 보여 드리겠습니다.

거주주택 비과세는 미리 받는 것입니다

소득세법 시행령 제155조 제20항이 거주주택 비과세 특례입니다. 등록 임대주택과 거주주택 한 채를 가진 1세대가 2년 이상 거주한 그 집을 팔면, 임대주택은 없는 것으로 보고 1세대1주택 비과세를 적용합니다. 조건은 양도일 현재 세무서 사업자등록과 지자체 임대사업자 등록이 살아 있고, 임대료 증가율이 5퍼센트를 넘지 않을 것, 그리고 임대주택이 정해진 임대기간을 채울 것입니다.

임대기간을 아직 못 채웠어도 거주주택을 먼저 팔 수 있습니다. 제21항이 임대기간요건을 충족하기 전이라도 장기임대주택으로 보아 특례를 적용한다고 하기 때문입니다. 대신 제22항이 있습니다. 나중에 임대기간요건을 못 채우게 되면 그 사유가 생긴 날이 속한 달의 말일부터 2개월 안에, 비과세를 받지 않았더라면 냈을 세액과의 차액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다.

2020년 8월 개정 민간임대주택법으로 단기임대와 아파트 장기일반 매입임대가 폐지되면서 세법도 예외를 두었습니다. 그 유형이 임대의무기간이 끝나 자동말소되거나, 의무기간의 절반 이상을 채우고 자진말소하면 말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다. 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 팔아도 특례가 유지됩니다.

다만 이 예외는 아파트와 단기임대에 한정됩니다. 그리고 여기서 말하는 아파트는 주택법상 도시형 생활주택이 아닌 것을 말합니다. 다세대·연립·오피스텔·도시형 생활주택은 임대기간을 끝까지 채워야 합니다.

절반을 못 채우고 말소한 사건 — 조심 2025전2160

2025년 11월 24일 결정입니다. 청구인은 2017년 6월 대전의 거주주택을 사서 살았고, 2018년 8월 평택의 아파트 두 채를 취득해 2019년 12월 세무서 사업자등록과 지자체 등록을 마쳤습니다. 등록 유형은 단기민간임대주택, 당시 임대의무기간은 4년이었습니다.

2020년 11월 12일 거주주택을 팔면서 제21항에 따라 거주주택 비과세로 신고했습니다. 임대기간을 채우기 전이었지만 법이 허락한 대로였습니다. 그리고 2021년 8월 27일, 지자체 안내에 따라 임대사업자 등록 말소를 신청했습니다. 임대를 시작한 지 약 1년 8개월, 의무기간 4년의 절반에 못 미치는 시점이었습니다.

2025년 4월 세무서는 자진말소 특례의 요건인 「의무기간의 2분의 1 이상 임대」를 채우지 못했다며 거주주택 비과세를 배제하고 2020년 귀속 양도소득세를 가산세까지 얹어 고지했습니다.

청구인의 주장은 실질이었습니다. 말소 신청 이후에도 같은 임차인에게 임대료 규정을 지키며 2년 넘게 계속 임대했으니 사실상 요건을 채웠다는 것, 그리고 말소를 접수한 담당자에게서 세금 문제에 대한 안내를 전혀 받지 못했다는 것이었습니다.

심판원은 본세를 그대로 두었습니다. 조세법규는 특별한 사정이 없으면 법문대로 해석해야 하고, 납세자에게 유리하다고 확장하거나 유추할 수 없으며 감면요건은 더욱 엄격하게 본다는 것입니다. 조문이 「의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다」고 적은 이상 실제로 계속 임대했다는 사정은 들어갈 자리가 없었습니다.

다만 가산세는 직권으로 살펴 과소신고가산세를 취소했습니다. 말소 이후에도 같은 임차인에게 계속 임대한 사실이 확인되고, 단기임대는 의무기간이 끝나면 어차피 자동말소되는데도 지자체 안내에 협조해 기간 안에 말소를 신청하는 바람에 부득이하게 요건을 못 갖춘 특별한 사정이 있다고 본 것입니다. 납부지연가산세는 그대로 두었습니다. 정상적으로 납부한 사람과의 형평 때문에 이자 성격의 가산세는 남긴다는 것입니다.

제가 이 결정을 읽고 든 생각

결론은 법대로입니다. 제22항은 「충족하지 못하게 된 때」라고만 적고 사유를 묻지 않으며, 부득이한 사유의 예외는 수용 등 열거된 것뿐입니다. 심판원이 본세를 살릴 길은 없었고 가산세에서 할 수 있는 만큼 했다고 봅니다.

그래도 남는 것이 있습니다. 이 청구인은 정부 정책에 협조해 말소를 신청했다가 비과세를 잃었습니다. 지자체 창구는 민간임대주택법만 안내하고 세법은 안내하지 않습니다. 임대사업자 등록을 건드리는 모든 행위는 세법 쪽에서 무슨 일이 생기는지 먼저 확인하고 해야 합니다.

그리고 유형의 문제가 있습니다. 등록 임대주택의 세제는 주택 유형, 등록 시기, 소재지의 조정대상지역 여부, 등록 형태(단기·장기, 건설·매입) 네 가지 조합으로 갈라집니다. 건축물대장에 아파트로 적혀 있어도 도시형 생활주택이면 말소 특례에서 빠지는 식입니다. 그 조합을 한 번 잘못 읽으면 비과세가 통째로 날아갑니다.

축소되는 것과 남는 것, 그리고 부산

2026년 세제개편안의 임대주택 부분은 조정대상지역 아파트 매입임대주택에 한정됩니다. 2027년 말까지 양도하면 중과배제와 장기보유특별공제 우대가 그대로이고, 그 뒤로는 임대의무기간이 끝난 시점부터 1년 이내, 1~2년, 2년 초과로 나누어 우대가 단계적으로 줄어들다 배제되는 구조입니다. 아직 정부안이고 시행령이 확정되지 않았습니다.

부산은 2025년 10월 대책 이후에도 전 지역이 비조정입니다. 부산에 아파트를 등록해 둔 임대사업자는 이번 축소안의 대상이 아니고, 애초에 부산 다주택은 중과가 없으니 중과배제라는 혜택 자체가 의미가 없습니다. 대신 서울·경기 조정지역에 아파트를 임대 등록해 두신 분이라면 2027년 12월 31일이 기한입니다.

그리고 축소안과 무관하게 거주주택 비과세 특례의 사후관리는 그대로입니다. 부산에서 임대주택 상담을 하면 중과보다 이쪽에서 사고가 납니다.

부산 사례로 계산해 보겠습니다

해운대구 아파트를 5억원에 사서 4년 보유하고 거주하다 9억원에 팔고, 부산진구에 도시형 생활주택 한 채를 등록 임대 중인 세대를 가정하겠습니다. 거주주택 비과세가 유지되면 9억원이 12억원 이하라 세금이 없습니다.

임대기간을 못 채워 비과세가 배제되면 부산은 비조정이라 중과는 없지만 일반 과세가 됩니다. 양도차익 4억원에서 장기보유특별공제 8퍼센트를 빼고 기본공제까지 반영하면 과세표준이 3억 6,550만원, 산출세액이 약 1억 2,026만원입니다. 비과세와 과세의 차이가 1억 2천만원입니다.

사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 스스로 신고하면 가산세가 없습니다. 이 사건처럼 세무서가 나중에 찾아내면 과소신고가산세 10퍼센트와 납부지연가산세가 붙어 1억 8,500만원을 넘습니다. 임대주택에 무슨 일이 생기면 그 2개월이라는 기한부터 달력에 적어 두셔야 합니다.

21년 현장에서 드리는 팁

등록 임대주택이 있는 분이 오시면 저는 먼저 표 하나를 만듭니다. 주택 유형(아파트·도시형 생활주택·다세대·오피스텔), 등록일, 임대 개시일, 임대의무기간과 세법상 임대기간요건, 소재지의 조정 여부, 말소 예정일과 말소 후 5년. 이 여섯 칸을 채우면 그분에게 남아 있는 혜택과 기한이 한 줄로 나옵니다.

그리고 이혼·증여·상속처럼 임대주택 명의가 움직이는 일이 생기면 그 표를 법무 대리인에게 먼저 보냅니다. 협의서나 화해조서에 이전 기한을 적을 때 세금 쪽 날짜가 반영되도록 하기 위해서입니다. 며칠 차이로 임대기간요건을 못 채우는 일이 실제로 생깁니다.

가업승계 상담에서도 같습니다. 회사 대표가 개인 명의로 등록해 둔 임대주택이 있으면 승계 일정과 임대기간 만료일을 같은 표에 놓고 봅니다.