세무서 감정평가로 상속세가 다시 나왔는데 다툴 수 있나요

「아버지께 상가건물을 상속받아 기준시가로 평가해 신고기한 안에 상속세를 신고하고 납부까지 마쳤습니다. 그런데 세무서에서 이 건물에 감정평가를 해서 상속세를 다시 내라고 합니다. 이의신청이나 심판청구를 하면 이길 수 있나요.」 요즘 이런 질문이 부쩍 늘었습니다.

이유가 있습니다. 국세청이 2020년부터 이른바 꼬마빌딩 감정평가 사업을 하다가 2025년부터는 대상을 신고가액이 추정시가보다 5억원 이상 낮거나 10퍼센트 이상 차이 나는 경우로 넓혔고, 초고가 아파트와 호화 단독주택, 비상장법인이 가진 부동산까지 들어왔습니다. 그러니 세무서 감정으로 상속세가 다시 나오는 분이 많아졌고, 조세심판원에는 같은 유형의 사건이 올해만 여러 건 쌓였습니다.

이달 3일 조세심판원이 결정한 사건 하나를 뼈대로, 납세자들이 심판청구에서 꺼낸 논리 다섯 가지를 놓고 어떤 것이 지고 어떤 것이 남아 있는지 보겠습니다. 부산 서구 해수욕장 앞 호텔을 가진 법인의 주식을 상속받은 분이 「내가 낸 감정평가서」 때문에 상속세가 늘어난 사건도 같이 보겠습니다.

사건 — 기준시가로 신고했는데 감정가액으로 다시 나왔습니다

조세심판원 조심 2026서1665 사건입니다. 2024년 9월 23일 아버지가 돌아가셨고 배우자와 자녀 셋이 서울의 근린생활시설·주거 겸용 건물(토지 178.82제곱미터, 건물 432.73제곱미터)을 상속받았습니다. 상속개시일 전후 6개월 안에 이 건물이나 비슷한 건물의 매매·감정 사례가 없어서, 상속인들은 개별공시지가와 건물 기준시가를 합한 금액을 시가로 보고 2025년 3월 31일 상속세를 신고했습니다. 여기까지는 아무 문제가 없습니다.

세무서는 신고 내용을 검증하는 세목별 조사를 하면서 감정평가법인 두 곳에 이 건물의 감정을 의뢰했습니다. 가격을 산정하는 기준 시점은 상속개시일인 2024년 9월 23일, 감정서 작성일은 2025년 8월 12일입니다. 상속세 신고기한(2025년 3월 31일)은 지났지만 법정결정기한(신고기한부터 9개월, 2025년 12월 31일) 안입니다. 세무서는 두 감정가액의 평균을 서울지방국세청 평가심의위원회에 올렸고, 위원회는 2025년 9월 25일 가격변동의 특별한 사정이 없다며 이 감정가액을 상속개시일 현재의 시가로 보는 것이 타당하다고 심의했습니다. 세무서는 2025년 12월 3일 이 감정가액으로 상속세를 결정·고지했고, 상속인들은 2026년 2월 23일 심판청구를 했습니다.

상속인들의 논리는 세 갈래였습니다. 첫째, 납세자는 상속개시일 전후 6개월 안의 시가로 신고해야 하는데 세무서는 신고기한 뒤 9개월까지의 감정가액을 시가로 인정받을 수 있으니 양쪽에 다른 평가기간을 주는 것이고, 이런 불균형은 법률이 아니라 시행령이 만든 것이라 위임입법의 한계를 넘은 무효 규정이다. 둘째, 두 감정평가법인의 가액에 차이가 있다는 것은 실제로 가격변동이 있었다는 뜻이다. 셋째, 그래서 이 감정가액은 상속개시일의 시가를 반영하지 못한다.

심판원의 답 — 위헌 여부는 심판청구 사유가 아닙니다

심판원은 첫째 논리를 이렇게 정리했습니다. 명령·규칙이 헌법이나 법률에 위반되는지는 대법원이 최종 심사하는데(헌법 제107조 제2항), 심리일 현재까지 대법원이 이 규정을 무효로 판단한 사실이 없다. 오히려 대법원은 이 단서 규정이 평가기간에 해당하지 않는 기간의 매매 등 가액을 시가로 볼 수 있는 요건을 구체화·명확화한 것이라 상속세법 제60조 제1항·제2항의 위임범위를 벗어나지 않았다고 판단했다. 그리고 근거 규정이 헌법에 위반되는지는 국세기본법 제55조가 정한 심판청구의 불복사유에 해당하지 않는다. 즉 심판원에 위헌·무효를 들고 가면 판단조차 받지 못합니다.

둘째와 셋째 논리에 대해서는, 감정인의 감정 결과는 감정방법이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등의 현저한 잘못이 없는 한 존중해야 하고, 법령이 정한 절차를 거치지 않았거나 감정 내용에 사실관계 누락 같은 명백한 하자가 없는 이상 평가심의위원회를 거친 감정가액은 원칙적으로 시가라고 했습니다. 상속개시일부터 감정서 작성일까지 이 건물의 현황과 이용 상태는 같았고, 그 사이 개별공시지가가 4.65퍼센트 오른 것을 두고 가격변동에 특별한 사정이 있다고 하기는 어렵다는 것입니다. 두 감정가액의 차이도 통상적인 편차일 뿐이라는 세무서 의견이 받아들여졌습니다.

결정문에 처분청과 함께 가려져 있는 그 대법원 판결은 올해 4월 2일 선고된 대법원 2025두35499 판결로 보입니다. 증여세 사건인데, 대법원은 상속세법 시행령 제49조 제1항 단서가 모법의 위임범위를 벗어난 무효 규정이 아니라고 명시적으로 판단했습니다. 위임입법 무효 논리는 2026년 4월로 끝났다고 보시면 됩니다.

부산 호텔 사건 — 내가 낸 감정평가서가 시가가 됐습니다

조세심판원 조심 2025부0771 사건은 부산 서구 암남동, 해수욕장 앞 호텔을 가진 법인의 주식을 상속받은 분의 사건입니다. 2023년 6월 8일 아버지가 돌아가셨고, 아버지가 지분 100퍼센트를 가진 법인의 비상장주식 3만 주가 상속재산이었습니다. 법인은 자산의 대부분이 부동산인 부동산과다보유법인이라 주식은 순자산가치로만 평가하는데, 그 순자산의 핵심이 호텔 토지 1,545제곱미터와 건물 4,533.35제곱미터입니다. 상속인은 이 부동산을 기준시가로 놓고 주식을 평가해 2023년 11월 7일 신고했습니다.

그런데 부산지방국세청이 2024년 5월 상속세 조사에 착수하기 전에, 상속인이 스스로 이 호텔의 감정평가서를 제출했습니다. 가격산정기준일은 상속개시일인 2023년 6월 8일, 감정서 작성일은 2024년 5월 3일, 법정결정기한 안입니다. 조사청은 바로 이 감정가액을 평가심의위원회에 올려 시가로 인정받고 주식 가액을 다시 계산해 2024년 11월 11일 상속세를 고지했습니다.

상속인은 그 사이 부산 서구의 지가지수와 지가변동률이 올랐고 해수욕장 주변 지구단위계획에 따라 복합시설 신축이 승인돼 인근 아파트값이 올랐으며, 정부가 2014년 소급감정을 막으려고 시행령을 고쳤는데 조사청이 스스로 소급감정을 쓰는 것은 부당하다고 다퉜습니다. 상속세를 감정가액으로 내고 나중에 법인이 호텔을 팔면 법인세는 법인세대로 또 내야 하니 이중과세라는 주장도 했습니다.

심판원은 2025년 7월 8일 기각했습니다. 시행령 단서는 2019년 2월 12일 개정으로 법정결정기한까지의 감정을 시가에 포함시킬 수 있게 된 것이니 소급감정이라는 이유만으로 배척할 수 없고, 이 감정은 세무서가 아니라 상속인 본인이 의뢰해 법정결정기한 안에 이루어진 것이며, 토지 개별공시지가는 2023년 대비 2024년 1.9퍼센트 올랐을 뿐이고, 인근 아파트값 상승은 주거용 건물 이야기라 상업용 호텔과 직접 비교하기 어렵다는 것입니다. 상속세와 법인세는 납세의무자가 다르니 이중과세도 아니라고 했습니다.

제가 이 두 결정을 읽고 든 생각

부산 호텔 사건에서 제 눈에 들어온 것은 「조사 착수 전 상속인이 제출한 감정평가서」라는 한 줄입니다. 결정문은 왜 제출했는지 적지 않았지만, 실무에서 이런 감정서가 만들어지는 경로는 대체로 둘입니다. 상속세 납부자금이나 회사 운영자금 대출을 위해 은행이 요구했거나, 나중에 호텔을 팔 때 취득가액을 높여 두려고 미리 받아 둔 경우입니다. 어느 쪽이든 감정서가 존재하는 순간 그것은 상속세법이 말하는 감정가액이 되고, 법정결정기한 안이면 세무서가 가져다 쓸 수 있습니다. 감정은 세금과 무관하게 받아도 세금에 무관하지 않습니다.

9월 3일 결정에 대해서는, 결과는 예상대로였지만 납세자 쪽 논리의 방향이 아쉬웠습니다. 위임입법 무효는 대법원이 4월에 닫았고 심판원은 애초에 판단할 권한이 없습니다. 감정 편차는 감정평가라는 것이 원래 기관마다 다르게 나오니 논거가 되기 어렵습니다. 유일하게 살아 있는 길은 대법원이 올해 4월 30일 2024두61780 판결에서 열어 둔 곳입니다.

그 판결은 세 가지를 말했습니다. 가격변동의 특별한 사정이 없었다는 점은 과세관청이 주장·증명해야 하고, 그 요건은 상속개시일부터 가격산정기준일까지만이 아니라 감정서 작성일까지 충족돼야 하며, 특별한 사정을 볼 때는 시간 경과에 따른 일반적인 가격변동도 고려 대상에서 배제되지 않는다. 그 사건에서는 개별공시지가 상승률과 지역 지가변동률을 근거로 세무서 측 감정 2개와 납세자 측 감정 2개의 평균을 시가로 인정하지 않았습니다. 다만 법원이 따로 감정인을 선임해 상속개시일 기준으로 다시 평가한 가액으로 정당세액을 산출했으니, 이긴 쪽도 기준시가로 돌아간 것은 아닙니다.

부산 사례로 계산해 보겠습니다

가상의 예시입니다. 서면의 상가건물을 자녀 한 명이 상속받았고 배우자는 안 계십니다. 상속개시일 전후 6개월 안에 매매·감정 사례가 없어 기준시가 12억원으로 신고했고, 예금 3억원이 따로 있습니다. 세무서가 법정결정기한 안에 감정을 의뢰해 20억원으로 결정된 경우와 비교합니다. 일괄공제 5억원, 금융재산상속공제 6,000만원을 적용했고, 신고기한 뒤 247일째 고지된 것으로 가정했습니다.

기준시가 신고는 과세표준 9억 4,000만원에 산출세액 2억 2,200만원, 신고세액공제를 빼면 약 2억 1,500만원입니다. 감정가액 20억원으로 결정되면 과세표준 17억 4,000만원, 산출세액 5억 3,600만원으로 3억 1,400만원이 늘고, 여기에 247일치 납부지연가산세 약 1,700만원이 붙어 추가 납부는 약 3억 3,100만원입니다. 늘어난 세액에는 신고세액공제 3퍼센트가 없습니다.

다만 평가방법 차이로 늘어난 세액에는 과소신고가산세가 붙지 않습니다(국세기본법 제47조의3 제4항 제1호 다목). 그리고 20억원으로 결정된 그 금액이 나중에 이 건물을 팔 때 취득가액이 되니, 양도세는 그만큼 줄어듭니다. 상속세에서 3억이 늘고 양도세에서 얼마가 주는지는 언제 팔 계획인지에 따라 다릅니다.

21년 현장에서 드리는 팁

상속세 상담에서 상가건물이나 나대지가 있으면 저는 신고서를 만들기 전에 두 가지를 먼저 묻습니다. 「이 부동산으로 최근 2년 안에 감정평가를 받으신 적이 있습니까」와 「상속 뒤에 대출을 받으실 계획이 있습니까」입니다. 앞의 질문은 상속개시일 전 2년 안의 감정가액도 평가심의위원회를 거쳐 시가가 될 수 있기 때문이고, 뒤의 질문은 은행 대출용 감정서가 곧 상속세 감정서가 되기 때문입니다. 감정서가 있거나 생길 예정이면 기준시가 신고는 처음부터 선택지가 아닙니다.

가업승계와 M&A 자문에서는 이 문제가 더 커집니다. 부산 호텔 사건처럼 회사가 부동산을 가지고 있으면 그 부동산의 평가가 곧 주식의 평가이고, 주식의 평가가 상속세·증여세는 물론 가업상속공제 한도와 훗날 지분 매각 가격의 출발점이 됩니다. 지분 승계나 매각을 검토하는 회사에는 부동산 감정을 세금 계산과 분리해서 받지 않도록 먼저 안내합니다. 어느 쪽 목적으로 받든 그 숫자는 하나로 통합니다.