등기를 안 하고 되팔면 세금이 얼마나 나올까요

부산 서구의 어린이집 건물을 2013년에 사서 등기를 하지 않은 채 2015년에 되판 분이 있습니다. 구청은 2018년 11월 「등기는 안 했어도 사실상 취득했다」며 취득세에 중가산세 80퍼센트를 얹어 부과했고, 심판원은 2019년 11월 그 처분이 맞다고 했습니다. 그런데 양도세는 그로부터 7년이 더 지난 올해 1월에야 나왔습니다.

양산세무서는 이 거래를 미등기 전매가 아니라 「명의신탁한 부동산을 판 것」으로 보고 2016년 귀속 양도세를 고지했습니다. 이달 8일 조세심판원은 이 처분을 취소했습니다. 그런데 결정문을 끝까지 읽으면 「이겼다」고 말하기 어렵습니다. 심판원이 남겨 둔 「별론」 한 단어 때문입니다.

사건 — 부산 서구 어린이집, 등기 없이 11년

조세심판원 조심 2026부2101 사건입니다. 매도인은 2010년 8월 13일 부산 서구의 어린이집용 건물과 부속토지를 취득했습니다. 청구인은 2013년 12월 13일 매도인과 매매계약을 맺고 2014년 2월 28일 잔금을 치러 사실상 취득했지만 소유권이전등기는 하지 않았습니다. 2019년 취득세 사건 결정문에 사정이 나옵니다. 청구인은 직업상 어린이집 대표자가 되기 어려워 대표자는 매도인 명의로 두고 시설장을 고용해 2014년 3월부터 실제로 어린이집을 운영했습니다.

그해 12월 30일 새 매수인과 합의약정서를 쓰고 대금을 수차례 송금받았으며, 2015년 2월 27일 합의서로 잔금 지급기일을 미루고 3월 1일 어린이집 운영권을 넘겼습니다. 등기는 2015년 2월 25일 매도인에게서 새 매수인 앞으로 곧바로 이전됐고, 잔금은 그보다 1년 가까이 늦은 2016년 2월 5일에 청산됐습니다. 청구인은 잔금을 받을 때까지 이 건물에 가등기를 걸어 두었다가 그날 말소했습니다.

새 매수인이 2017년 3월 31일 이 건물을 다시 팔고 양도세를 신고하자, 중부산세무서가 조사 과정에서 「이 사람이 산 상대는 등기부상 매도인이 아니라 청구인」이라는 것을 확인하고 양산세무서에 과세자료를 넘겼습니다. 양산세무서는 2025년 8월 29일 기한후신고 안내문을 보냈지만 답이 없자, 2026년 1월 2일 이 거래를 「당초 명의신탁 부동산의 양도」로 보아 양도시기는 잔금일 2016년 2월 5일, 취득가액과 취득시기는 매도인의 2010년 8월 13일 기준으로 2016년 귀속 양도세를 고지했습니다. 청구인은 3월 31일 심판청구를 했습니다.

청구인의 논리가 흥미롭습니다. 「이 거래는 명의신탁이 아니라 미등기 전매다.」 미등기 전매면 세율이 70퍼센트로 뛰는데도 그렇게 주장했습니다. 근거는 셋입니다. 매도인과 2013년에 매매계약을 맺고 대금을 지급했으니 매도인에게 명의신탁한 것이 아니고, 2019년 취득세 심판 결정도 미등기 전매로 판단했으며, 잔금 청산 전에 소유권이전등기가 됐으니 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 양도시기는 등기접수일 2015년 2월 25일, 귀속연도는 2015년이라는 것입니다.

세무서는 명의신탁 약정서는 없지만 합의약정서·합의서·내용증명으로 볼 때 실질 소유자는 청구인이고, 매수인 명의 등기는 3자간 등기명의신탁에 따른 무효 등기라 시행령 제162조가 말하는 소유권이전등기가 아니라고 맞섰습니다. 그리고 한 줄을 덧붙였습니다. 「설령 미등기 전매라 하더라도 세율 70퍼센트, 장기보유특별공제와 기본공제 없이 계산한 세액이 당초 결정세액보다 크므로 청구인이 구할 이익이 없다.」

심판원의 답 — 과세기간이 틀린 처분은 위법합니다

심판원은 2026년 9월 8일 처분을 취소했습니다. 세무서 스스로 명의신탁 약정서가 없다고 인정하고 있고 청구인이 명의신탁했음을 뒷받침할 객관적 증빙이 없다, 2019년 11월 6일 취득세 결정(조심 2019지2041)에서도 이 부동산은 2013년 12월 13일 매도인과 청구인 사이에, 2015년 1월 6일 청구인과 매수인 사이에 각각 매매가 이루어진 것으로 판단했다, 그렇다면 이 거래는 미등기 전매다, 매수인 명의 등기는 무효 등기가 아니라 유효한 소유권이전등기이므로 시행령 제162조 제1항 제2호가 적용되고 양도시기는 2015년 2월 25일이다, 조세법규는 문언대로 해석해야 하고 확장·유추해석은 허용되지 않는다, 양도소득세는 과세기간별로 과세단위가 나뉘므로 2016년 귀속으로 부과한 이 처분은 위법하다.

쟁점거래가 미등기 전매임을 전제로 하는 산출세액이 이 건 결정세액을 초과하는지 등은 별론으로 하고

결정문 판단 부분은 이 말로 시작합니다. 심판원은 세액이 더 나올지를 판단하지 않았습니다. 판단할 필요가 없었습니다. 과세기간이 틀렸으면 세액이 맞든 틀리든 그 처분은 취소되기 때문입니다.

등기를 안 하고 되팔면 무슨 세금이 붙나

세 겹입니다. 첫째, 양도소득세. 소득세법 제88조는 양도를 「등기 또는 등록과 관계없이」 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것이라고 정의합니다. 등기를 안 했다고 양도가 아닌 것이 아니고, 오히려 제104조 제3항의 미등기양도자산이 되어 세율이 과세표준의 70퍼센트입니다. 장기보유특별공제와 양도소득 기본공제 250만원도 적용되지 않습니다.

둘째, 취득세. 지방세법 제7조 제2항은 등기를 하지 않아도 사실상 취득하면 취득한 것으로 봅니다. 잔금을 치른 날이 취득일이고, 신고 없이 되팔면 제21조 제2항에 따라 산출세액의 80퍼센트를 가산합니다. 이 사건 청구인이 2018년에 부과받은 것이 이 세금입니다.

셋째, 시간. 등기가 없으니 세무서가 거래를 늦게 알고, 늦게 알수록 납부지연가산세가 쌓입니다. 이 사건은 양도 뒤 11년 만에 고지됐습니다.

미등기 전매와 명의신탁 양도는 무엇이 다른가

둘 다 「내 이름으로 등기된 적 없는 부동산을 내가 팔았다」는 점은 같습니다. 다른 것은 등기부상 명의자와 나의 관계입니다. 명의신탁은 내 돈으로 사면서 처음부터 남의 이름으로 등기하기로 약정한 것이고, 그 등기는 부동산실명법상 무효입니다. 세법은 실질과세 원칙(국세기본법 제14조)으로 실제 소유자에게 양도세를 매기되, 명의자의 취득가액과 취득시기를 그대로 씁니다. 미등기 전매는 내가 정상적으로 매매계약을 하고 대금을 치러 취득했지만 등기만 안 한 것입니다. 취득가액은 내 매입가, 보유기간은 내 잔금일부터이고, 세율은 70퍼센트입니다.

세무서가 이 사건을 명의신탁으로 본 것은 청구인에게 오히려 유리한 계산이었습니다. 매도인의 2010년 취득가액이 청구인의 2014년 매입가보다 낮아 양도차익은 커지지만, 기본세율과 장기보유특별공제가 적용되니 세액은 70퍼센트 단일세율보다 작았던 것으로 보입니다. 세무서 스스로 「미등기 전매로 계산하면 더 나온다」고 했으니까요.

그런데도 청구인이 미등기 전매를 주장한 이유는 결정문에 적혀 있지 않습니다. 제 추측은 이렇습니다. 세율보다 무서운 것이 귀속연도입니다. 2015년 귀속으로 보면 신고기한은 2016년 5월 31일이고, 부정행위에 적용되는 10년 제척기간도 2026년 5월 31일에 끝납니다. 세무서 처분은 2026년 1월 2일이었으니 2015년 귀속으로 고쳐 부과하려 해도 5월 말까지 넉 달뿐이었고, 심판 결정은 9월에 나왔습니다. 청구인 쪽은 세율 70퍼센트를 감수하고서라도 「그 연도는 이미 지났다」에 걸었을 가능성이 있습니다.

양도일은 잔금일인가 등기일인가

원칙은 잔금 청산일입니다(소득세법 제98조). 그러나 시행령 제162조 제1항 제2호는 「대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일」로 정합니다. 이 사건에서 등기는 2015년 2월 25일, 잔금은 2016년 2월 5일이었으니 양도일은 등기접수일입니다. 세무서는 미등기 전매의 양도시기는 대금청산일이라는 행정해석을 들었지만, 심판원은 그 해석이 잔금이 등기보다 앞선 사례를 말한 것이고 시행령 단서의 예외를 담고 있지 않다는 청구인 주장을 받아들였습니다.

실무에서 이 조문이 문제 되는 장면은 미등기 전매만이 아닙니다. 매수인이 대출을 받으려고 잔금 전에 먼저 등기를 넘겨받는 거래, 잔금 일부를 나중에 정산하기로 하고 등기부터 하는 거래에서 양도일이 등기일로 당겨지고, 그해가 바뀌면 신고 귀속연도와 보유기간에 따른 세율까지 달라집니다.

심판원에서 취소됐으면 끝인가

여기가 오늘 글의 핵심입니다. 심판원은 「2016년 귀속으로 매긴 것이 틀렸다」고 했지 「세금이 없다」고 하지 않았습니다. 2015년 귀속으로 다시 부과할 수 있느냐가 남습니다. 일반 제척기간으로는 어렵습니다. 무신고 7년은 2023년 5월, 부정행위 10년도 2026년 5월에 지났습니다.

그런데 국세기본법 제26조의2 제6항은 심판청구 결정이 확정되면 「결정이 확정된 날부터 1년」 안에 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 하고(제1호), 제1호의2는 그 결정의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정)의 조정이 필요한 경우에도 같은 1년을 줍니다. 귀속연도가 틀려 취소된 처분을 바른 연도로 다시 부과하는 것이 이 특례에 들어가는지가 쟁점이고, 세무서가 이 길로 가면 이번에는 미등기 전매로 계산할 것입니다. 세율 70퍼센트, 장기보유특별공제와 기본공제 없이. 세무서가 이미 「그렇게 하면 더 나온다」고 계산해 둔 그 금액입니다.

부산 사례로 숫자를 보면

가상의 예시입니다. 서구의 상가건물을 3억원에 사서 1년 1개월 뒤 4억원에 되팔았습니다. A는 등기 없이 되판 경우, B는 등기하고 1년을 넘겨 양도한 경우, C는 등기하고 2년을 넘겨 양도한 경우입니다. 취득세는 상가 기준 4퍼센트, 지방교육세·농어촌특별세 0.6퍼센트로 잡았고 필요경비는 생략했습니다.

A는 차익 1억원에 70퍼센트가 그대로 붙어 양도세와 지방소득세 7,700만원, 취득세 1,200만원에 중가산세 960만원, 부가세목 180만원까지 약 1억 40만원입니다. 차익이 1억원인데 세금이 1억원입니다. B는 40퍼센트 세율에 기본공제가 적용돼 4,290만원, 취득세 등을 더해 약 5,670만원. C는 기본세율로 2,055만원, 합계 약 3,435만원입니다. 등기 여부 하나로 6,600만원이 갈립니다.

그리고 A가 이 사건처럼 10년 뒤 적발되면 본세 7,000만원에 무신고가산세 20퍼센트(부정행위면 40퍼센트), 납부지연가산세가 하루 0.022퍼센트로 10년이면 약 77퍼센트가 붙어 1억 3,800만원에서 1억 5,200만원이 됩니다. 지방소득세는 별도입니다.

제가 이 결정을 읽고 든 생각

결론은 법대로입니다. 과세기간을 잘못 잡은 처분은 위법하고, 심판원이 그 처분을 살려 둘 방법은 없습니다. 다만 이 사건은 세무서가 2016년을 고른 순간부터 결말이 정해져 있었습니다. 세무서는 「명의신탁이니 등기는 무효이고 양도일은 잔금일」이라는 구성을 택했는데, 정작 명의신탁 약정서가 없었고 같은 사실관계로 7년 전에 심판원이 미등기 전매라고 결정한 기록이 있었습니다. 그 결정문을 먼저 읽었다면 2015년 귀속으로, 2026년 5월 전에 부과했을 것입니다.

하나 더. 청구인은 2019년 취득세 사건에서 사실상 취득한 적이 없다고 다투다 졌고, 2026년 양도세 사건에서는 미등기 전매가 맞다고 주장해 이겼습니다. 앞의 결정이 뒤의 결정을 만든 셈입니다. 세금 다툼에서 사실관계는 한 번 확정되면 다른 세목, 다른 연도로 따라옵니다. 취득세 단계에서 어떤 주장을 할지가 7년 뒤 양도세를 정한 사건입니다.

21년 현장에서 드리는 팁

되팔 계획으로 산 부동산일수록 저는 등기부터 하시라고 말씀드립니다. 취득세 4퍼센트를 아끼려다 양도세 세율이 70퍼센트가 되고 취득세에 80퍼센트가 붙으니 계산이 안 맞습니다. 그리고 계약서와 대금 이체내역을 따로 보관하시라고 합니다. 이 사건에서 청구인이 이긴 것은 2013년 매매계약서와 매수인의 송금내역이 남아 있었기 때문이고, 세무서가 명의신탁으로 구성한 것은 그 계약서를 확인하지 못했기 때문입니다.

M&A 자문에서는 이 문제가 「부동산을 가진 회사의 지분」으로 나타납니다. 회사 명의 부동산 중 등기가 정리되지 않은 것, 대표 개인 명의로 남아 있는 것이 실사에서 나오면 매수인은 가격을 깎거나 계약을 미룹니다. 매각을 준비하는 회사에는 지분 평가보다 등기부 정리를 먼저 하시라고 안내합니다.